Filogenómica de aislados de Helicobacter pylori colombianos
Durante la colonización española de América del Sur, los esclavos africanos y los europeos llegaron al continente con su correspondiente carga de patógenos, incluido el Helicobacter pylori. Las cepas colombianas se han agrupado con la población hpEurope y con la subpoblación Africa en estudios de tipificación de secuencia multilocus (MLST).
Helicobacter pylori ha coevolucionado junto con los humanos desde su migración fuera de África hace aproximadamente 60.000 años. Los estudios de tipificación de secuencias de múltiples locus (MLST) han demostrado que las cepas modernas de H. pylori se agrupan en diferentes poblaciones regionales según su origen geográfico: hpEurope, hpNEAfrica, hpAfrica1, hpAfrica2, hpAsia2, hpSahul y hpEastAsia; hpEastAsia se divide en tres subpoblaciones, hspEAsia, hspMaori y hspAmerind. La subpoblación hspAmerind refleja la migración de Asia a las Américas a través del Estrecho de Bering que comenzó hace 12,000 años. Un evento de migración humana mucho más reciente es la colonización española de las Américas hace 500 años. Durante este período, además de los españoles, los esclavos africanos también emigraron al continente americano. Estas migraciones expusieron a la población nativa a nuevos patógenos, incluidas nuevas cepas de H. pylori, que llevaron a la desaparición del 80% de la población nativa en las décadas posteriores.
Un total de 115 genomas de H. pylori se secuenciaron con la tecnología Illumina a partir de aislados de H. pylori obtenidos en Colombia en una región de alto riesgo de cáncer gástrico. Los genomas se ensamblaron, anotaron y se sometieron a análisis filogenómico con 36 cepas de referencia. Adicionalmente, se realizaron análisis de diferenciación poblacional para dos genes bacterianos. El árbol filogenético reveló la agrupación de las cepas colombianas con hspWestAfrica y hpEurope, junto con tres clados formados exclusivamente por cepas colombianas, lo que sugiere la presencia de líneas evolutivas independientes para Colombia. Además, la diversidad de nucleótidos de los genes horB y vacA de los aislamientos colombianos fue menor que en las cepas de referencia y mostró una diferenciación genética significativa que apoya la hipótesis de clados independientes con evolución reciente.
No hay comentarios.: