Detección automatizada de pequeños fragmentos derivados de RNAs no-codificantes expresados diferencialmente frente a la infección del virus Dengue

En los últimos años, el uso cada vez mayor de las tecnologías de secuenciación de nueva generación para el estudio del transcriptoma ha llevado al descubrimiento de un nuevo fenómeno biológico llamado fragmentación postranscripcional funcional de ncRNAs. 

Estructura RNA

Varios estudios han identificado un amplio número de pequeños fragmentos derivados del procesamiento alternativo de ncRNAs (sfd-RNA) que varían entre 16 y 40nt, cuyas fuentes son principalmente tRNAs y snoRNAs. El interés en los sfd-RNA se debe a su parecido estructural y funcional con los micro RNAs (miRNAs). Por ejemplo, ambos tipos de moléculas pueden cargarse en proteínas Argonauta, quienes han sido vinculadas al fenómeno de interferencia mediada por RNA. A la fecha existen diferentes pipelines y herramientas computacionales dirigidas a anotar y evaluar expresión diferencial (DE) de miRNAs; no obstante, su extensión para el estudio de sfd-RNAs no es del todo adecuada, debido a que la fuente de los sfd-RNAs es a su vez una secuencia de ncRNA con una función alternativa, lo que implica una biogénesis diferente y por ende requiere estrategias computacionales propias.

En particular, para el análisis de expresión diferencial de sfd-RNAs, a diferencia de los miRNAs, existen problemas asociados a la detección, anotación y cuantificación de las lecturas asociadas al ncRNA, que en términos estadísticos, impactan el número de variables y el tamaño de muestra; por ende, se requiere una estrategia de anotación propia para sfd-RNA capaz de afrontar dos complicaciones de orden bioinformático. La primera de ellas reside en que las moléculas fuente de sfd-RNAs presentan un mayor número de copias idénticas en el genoma con respecto a los miRNAs, a pesar de ello, del conjunto de loci repetitivos no todos necesariamente se transcriben o no todos los transcritos generados se procesan de manera alternativa para generar fragmentos funcionales. La segunda dificultad yace en discriminar las lecturas derivadas del secuenciamiento de RNAs pequeños que evidencian la expresión de un fragmento funcional a la expresión del ncRNA fuente; debido a que el conjunto de lecturas de un sfd-RNA está completamente auto-contenido en el conjunto de secuencias asignado al ncRNA fuente.

FUENTE: Detección automatizada de pequeños fragmentos derivados de RNAs no-codificantes expresados diferencialmente frente a la infección del virus Dengue