Secuenciación del genoma de tres bacterias asociadas a la enfermedad de la banda negra de un coral colombiano que construye arrecifes

Anunciamos el borrador de la secuencia del genoma de tres bacterias gramnegativas aisladas de tejidos de coral afectados con la enfermedad de la banda negra (BBD), identificadas con los números de acceso a la Base de datos de ensamblajes del NCBI: MBQF, MAYB y MBQE.

coral Colombiano

Los arrecifes de coral son uno de los ecosistemas más diversos y vulnerables del mundo. De hecho, los cambios ambientales locales y globales han aumentado la vulnerabilidad de estos ecosistemas para desarrollar enfermedades de coral de naturaleza infecciosa probable. La enfermedad de la banda negra (BBD) fue una de las primeras enfermedades de coral documentadas y afecta a los arrecifes de coral de todo el mundo. Aunque la etimología de la BBD no se comprende por completo, parece que está causada por un consorcio de cianobacterias que podría infringir el daño directo y / o facilitar la colonización por bacterias oportunistas. A continuación, presentamos tres conjuntos de genomas de tiro de alta calidad de tres bacterias aisladas de corales afectados con BBD. Las muestras de coral se recolectaron en la bahía de Santa Marta, Colombia, y posteriormente se maceraron y se colocaron en placas de LB o agar marino.

El ADN genómico se extrajo con el metodo Salting Out y se resuspendió en agua DEPC. La secuenciación de todo el genoma se realizó utilizando el sistema Illumina Hiseq 2000 con lecturas de extremos pareados. Para garantizar los mejores resultados computacionales, probamos diferentes métodos de preprocesamiento y ensamblaje. Las lecturas de secuencia se preprocesaron utilizando las herramientas Trimmomatic, Sickle y Trim Galore. Se realizó un ensamblaje del genoma de novo usando Spades, Velvet y Abyss, iterando sobre diferentes patrones y otros parámetros específicos del software. En total se probaron tres pasos de preprocesamiento y tres pasos de ensamblaje. Un ensamblaje basado en un genoma de referencia no fue factible debido a la falta de genomas publicados para las especies en estudio.

FUENTE: Genome sequencing of three bacteria associated to black band disease from a Colombian reef-building coral