Menu

Diseño de un modelo bioinformática para la detección, identificación y clasificación de genes codificantes.



Este trabajo presenta la implementación de una herramienta bioinformática que permite comparar de la secuencia de una posible ß-lactamasa aislada de un microorganismo resistente con las ya reportadas, predecir su clasificación y almacenar los datos clínicos de resistencia frente a antibióticos y de localización del aislamiento, para que sirvan como base futura en el seguimiento epidemiológico y en el manejo racional de los antibióticos en los ámbitos nacional e internacional.


Un prototipo de sistema informático con estas características constituye una herramienta de apoyo importante para los comités de infecciones de las instituciones hospitalarias, en el seguimiento del manejo y comportamiento de la resistencia de los antibióticos, ya que en la medida en que se acumulen los datos con el paso del tiempo, éstos permitirán hacer análisis tanto prospectivos como retrospectivos del comportamiento epidemiológico de la resistencia bacteriana, mediada por ß-lactamasas, en el ámbito hospitalario. Por tratarse de un problema multifactorial, el modelo propuesto pone a disposición del medio una parte importante de los datos sistematizados y jerarquizados asociados con la resistencia que presentan los microorganismos productores de ß-lactamasas, la cual se puede cruzar con las demás fuentes de datos disponibles, de tal forma que se puede llegar a tener un entendimiento integral del problema y a generar bases locales que agilicen y fortalezcan la toma de decisiones.

METODOLOGIA
Se basa en la estrategia para el diseño de sistemas de información y comprende cuatro fases fundamentales:
Búsqueda de secuencias
Se realizó la búsqueda de datos por medio del Sistema de Recuperación de Secuencias (SRS) implementado por el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) (10), el cual realiza la recuperación de secuencias y otros datos biológicos mediante un sistema indexado que permite hacer el cruce simultáneo de varias bases de datos y responde a consultas complejas.
Organización de las secuencias
Las secuencias fueron jerarquizadas con la finalidad de facilitar el diseño de una base de datos para almacenar estas y otros datos biológicos asociados, útiles para mantener la referencia entre la base de datos Uniprot y los datos clínicos almacenados localmente.
Selección de los datos clínicos
Tomando en cuenta las referencias bibliográficas, con la asesoría de expertos de las áreas clínica y epidemiológica, se seleccionó un conjunto de datos clínicos utilizando como referencia los campos incluidos en la base de datos del software Whonet (10). Estos datos se correlacionaron con el tipo de microorganismo, la clase de ß-lactamasa producida, su resistencia frente a los antibióticos ß-lactámicos, terapias previas y la localización fuente del aislamiento, entre otros.
Modelamiento de los datos moleculares y clínicos
Con los datos seleccionados se elaboró un modelo utilizando Unified Modeling Language UML (14), que permite cruzar datos moleculares y clínicos, de tal forma que se pueden caracterizar las ß-lactamasas de microorganismos intrahospitalarios resistentes y hacer un seguimiento del manejo de los antibióticos y el comportamiento epidemiológico. El sistema de información BLA_ID_CLINIC fue implementado en un servidor SUN Z40 del grupo de Bioinformática del Instituto de Biotecnología de la Universidad Nacional de Colombia, con sistema operativo Linux SUSE 10, servidor web Apache versión 2.0; PHP versión 4.3.4; MySQL versión 4.0.18 y lenguaje Perl versión 5.8.3



No hay comentarios.:

Con tecnología de Blogger.