C.B.I.B.
El trabajo del CBIB se ha centrado en la implementación de herramientas bioinformáticas para su aplicación en los análisis propios de la investigación en biotecnología, siendo este tema de gran interés para investigadores de otras instituciones como el Instituto Suizo de Bioinformática (SIB), con el cual se han realizado cursos de proyección internacional en el área y se han desarrollado proyectos conjuntos de investigación, tales como la creación de una base de datos relacional para la colección de archivos de PROSITE y la construcción de un sistema de manejo de bases de datos para un laboratorio de Proteómica, desarrollados por medio de pasantías en Suiza.
Recientemente el centro de bioinformática de la Universidad Nacional de Colombia es elnodo para Colombia de la Red Europea de Biología Molecular (EMBnet).
PROSITE es un diccionario de los lugares y los patrones de proteinas. Se complementa con ProRule, un conjunto de reglas basadas en perfiles y patrones, lo que aumenta el poder discriminatorio de estos perfiles y patrones de proporcionar información adicional sobre funcional y / o aminoácidos estructuralmente crítico
ResponderBorrarNucleic Acids Res. 2010 January; 38(Database issue): D161–D166. Published online 2010 January. doi: 10.1093/nar/gkp885
Aquí les dejo el ABSTRACT
PROSITE consists of documentation entries describing protein domains, families and functional sites, as well as associated patterns and profiles to identify them. It is complemented by ProRule, a collection of rules based on profiles and patterns, which increases the discriminatory power of these profiles and patterns by providing additional information about functionally and/or structurally critical amino acids. PROSITE is largely used for the annotation of domain features of UniProtKB/Swiss-Prot entries. Among the 983 (DNA-binding) domains, repeats and zinc fingers present in Swiss-Prot (release 57.8 of 22 September 2009), 696 (~70%) are annotated with PROSITE descriptors using information from ProRule. In order to allow better functional characterization of domains, PROSITE developments focus on subfamily specific profiles and a new profile building method giving more weight to functionally important residues. Here, we describe AMSA, an annotated multiple sequence alignment format used to build a new generation of generalized profiles, the migration of ScanProsite to Vital-IT, a cluster of 633 CPUs, and the adoption of the Distributed Annotation System (DAS) to facilitate PROSITE data integration and interchange with other sources. The latest version of PROSITE (release 20.54, of 22 September 2009) contains 1308 patterns, 863 profiles and 869 ProRules. PROSITE is accessible at: http://www.expasy.org/prosite/.