¿Cuánto puede tardar en regenerarse la selva consumida por los incendios del Amazonas?

El cambio climático y la intensidad del fuego pueden determinar la rapidez de la recuperación de las zonas afectadas por las llamas.

¿Cuánto puede tardar en regenerarse la selva consumida por los incendios del Amazonas? Foto: getty

Más de 40.000 especies de plantas, 1.300 tipos de aves y 426 diferentes de mamíferos viven en la selva tropical del Amazonas, la más grande del mundo con 6,7 millones de kilómetros cuadrados. Muchos animales y plantas, sin embargo, están amenazadas por los incendios que hace semanas azotan la zona. Las llamas no se limitan solo a la Amazonia de Brasil, también están afectando a los bosques de Bolivia, Paraguay y Colombia.

Las imágenes son desoladoras: el humo y las llamas han cubierto centenares de miles de hectáreas de selva. Los datos satelitales del Instituto Nacional de Investigación Espacial de Brasil (INPE, en portugués) señalan que, en lo que va de año, se ha registrado en Brasil un incremento en los incendios de más de un 80 por ciento respecto a los mismos mismos meses de 2018.

Pero ¿cuánto puede tardar en regenerarse la selva amazónica consumida por los incendios? El profesor de ciencias del ecosistema en la Universidad de Oxford (Inglaterra) Yadvinder Malhi asegura que "el bosque tarda entre 20 y 40 años, si se le permite regenerarse". No obstante, en conversación con BBC Mundo, el académico precisa que hay varios aspectos que pueden afectar esta recuperación.

amazonas

Uno de ellos es cuán dañada esté la tierra quemada. Si ha sufrido múltiples incendios -afirma-, es más probable que presente daños permanentes y su recuperación sea mucho más lenta. Otro de los factores tiene relación con la cercanía del pedazo de tierra quemado a un bosque sin daños.

"Si está al lado de un bosque intacto, los pájaros y animales van a irse naturalmente al área dañada y ayudarán a la regeneración". De lo contrario, dice Malhi, "va a ser mucho más difícil porque se tendrán que introducir las semillas y las especies".

Cambio climático y deforestación

El cambio climático es otro de los factores que puede determinar la rapidez con la que las hectáreas quemadas van a regenerarse. Claire Wordley, investigadora del Departamento de Zoología de la Universidad de Cambridge (Inglaterra), afirma que este factor es extremadamente difícil de prever y controlar.

"Ya se ha pronosticado que si la temperatura llega a ser muy alta, el Amazonas no podrá producir suficiente lluvia para mantener su selva tropical. Entonces, si hace demasiado calor, puede convertirse en sabana", dice a BBC Mundo.

Según la académica, aunque es difícil hacer una estimación del tiempo que tardará la selva dañada en recuperarse, sí está claro que no serán diez años. "Pueden ser cientos", afirma. Por otra parte, el uso de la tierra para la agricultura y la deforestación también pueden ser una barrera para impedir la recuperación de la tierra.

Para el investigador ecológico Phil Martin, aunque recuperar las plantas y árboles "puede tomar entre 150 y 200 años", eso sería en "perfectas condiciones". "El problema es que hoy hay varias áreas que están siendo afectadas por agricultores y la cría de ganado. El cambio climático también puede afectar, vemos que ahora los incendios son mucho más frecuentes y destructivos que antes", indica.

Cambios en la estructura

Los incendios modifican drásticamente la estructura de la vegetación de un determinado lugar. Y esto, a su vez, afecta a las especies que viven en el área. Así lo afirma José María Cardoso da Silva, profesor del Departamento de Geografía y Estudios Regionales de la Universidad de Miami (EE.UU.). Para el académico, la recuperación de las especies puede tardar varias décadas o siglos, siendo aún más difícil si los incendios son sucesivos.

"Si los incendios se convierten en la norma en el paisaje, los bosques nunca se regenerarán en su condición natural y veremos un nuevo tipo de vegetación empobrecida dominada por unas pocas especies de árboles comunes que pueden sobrevivir en el nuevo régimen de incendios", señala a BBC Mundo.

Da Silva agrega que "los incendios también pueden facilitar la expansión de especies invasoras que, con el tiempo, pueden limitar la regeneración de los ecosistemas naturales".

¿Los incendios son parte del ecosistema del Amazonas?

Otro dato que hay que tener en cuenta para entender cuán difícil será recuperar las zonas afectadas es que los incendios en la selva amazónica no ocurren naturalmente.

"En muchas partes del mundo, el fuego es parte del ecosistema. Pero en la selva tropical, los árboles no están preparados, nunca han experimentado incendios", explica Malhi.

"Entonces incluso pequeños incendios pueden matar muchísimos árboles. Puede ser muy dañino", agrega. Una opinión similar comparte la investigadora Claire Wordley.

"Hay zonas, como Australia o algunas partes de Estados Unidos, que están preparadas para lidiar con el fuego pero la región amazónica no tiene esa misma capacidad. Sudamérica es una de las regiones que se recupera más lentamente de los incendios", dice.

Según estudios, incluso tres décadas después de ser golpeados por un incendio, los bosques quemados tienen un 25 por ciento menos de carbono que aquellos que no fueron blanco de llamas. Y es que el Amazonas no tiene mecanismos de protección contra el fuego y esto genera que la mortalidad de los árboles sea mucho más alta.

"Esto muestra que necesitamos décadas o incluso cientos de años para que los bosques se recuperen de un incendio", dice la brasileña Erika Berenguer, de la Universidad de Oxford, a BBC News Brasil.

"Tenemos árboles enormes que caen. Morirán. Entonces pueden nacer árboles delgados. Estos árboles nuevos crecen rápido, pero tienen una baja densidad de madera. Retienen poco carbono", agrega la investigadora.

Fuente: Semana

Patentes a péptidos sintéticos que actuarían en enfermedades neuronales

¿Esta sería la solución al parkinson, alzheimer o isquemias cerebrales? Los inventores de estas patentes otorgadas por la Superintendencia de Industria y Comercio (SIC) son los profesores Édgar Antonio Reyes Montaño y Nohora Angélica Vega Castro de la Universidad Nacional de Colombia (UNAL), junto con el doctor Edwin Alfredo Reyes Guzmán (docente de la Universidad Antonio Nariño) quienes forman parte del Grupo de Investigación en Proteínas (GRIP) del Departamento de Química de UNAL.

Tres peptidos fueron los merecedores de la patente. Foto: U.N.

¿Cómo se llegó a esta investigación?

El trabajo empezó como un proyecto de investigación dentro de una de las líneas sobre las que se especializa el grupo: el receptor neuronal NMDA, comprometido en varios procesos neuronales y cuyas alteraciones en sus actividades están implicadas en varias patologías, por lo que se buscaba una manera de controlarlas a través de la modulación del receptor.

“Buscamos algunas proteínas o toxinas que pudieran interactuar con este receptor y que regularan su funcionamiento”, detalla el profesor Reyes, y agrega que a partir de estas se partió para diseñar los péptidos, buscando en un principio una acción antagonista, es decir que inhibiera el funcionamiento del receptor.

Las neuronas se comunican a través de neurotransmisores, moléculas químicas que envía una de estas células a la otra. Como por lo general el neurotransmisor no puede entrar a la neurona, a nivel de membrana esta tiene unos receptores de esa señal para generar internamente una serie de procesos.

En este caso, el neurotransmisor es el glutamato y el receptor es del tipo NMDA: “cuando el neurotransmisor llega a su receptor hace que se abran unos canales y como las neuronas funcionan básicamente con electricidad, permite que entren iones que modifican la carga eléctrica de la membrana para que la señal pueda ser transmitida,” indica el docente, y añade que cualquier modificación de la cantidad de carga que se pone a través de la membrana afectará la neurona.

“Por ejemplo, en enfermedades como Parkinson, Alzheimer o procesos de isquemia en accidentes cerebrovasculares cuando hay una falta de oxígeno se presenta una variación en la cantidad iónica alrededor de la membrana y eso es lo que daña las células neuronales”, señala el profesor Reyes.

Regular ese paso de la cantidad de iones para que la célula funcione correctamente es la función del receptor NMDA, por lo que una alteración en su actividad puede llevar a que haya un exceso de iones adentro o un impedimento para el paso de iones; en ambos casos, los efectos son nocivos para la célula y sobre estas situaciones es que actúan los péptidos sintéticos.

La idea es que estas sustancias ayuden a restablecer la regulación del receptor cuando esta se pierda. En una de las patentes hay dos péptidos antagonistas, y en la otra uno que hace el efecto contrario, que es agonista, comenta el profesor Reyes.

A nivel de patologías, dos de los péptidos estarían enfocados a aquellas que hacen que ingrese mucho calcio, para evitarlo, mientras que el tercero estaría indicado para casos en los que el receptor no permite que entren iones, para contrarrestarlo.

¿Cómo llegaron a este logro?

Para producir en el laboratorio estos péptidos sintéticos, los investigadores tomaron como referencia una conantoquina, toxina natural que se encuentra en un caracol marino y que posee propiedades para interactuar con el receptor NMDA a nivel extracelular, para bloquear su funcionamiento de manera irreversible.

“El punto de partida fue tomar la secuencia de esa conantoquina y modificar algunos de sus aminoácidos para que lo bloqueara, pero de forma reversible y, de esa manera, potenciar o disminuir la actividad del receptor”, relata la profesora Vega.

Esas modificaciones llevaron a que se obtuvieran por métodos bioinformáticos una serie de 80 péptidos que fueron evaluados; de estos se seleccionaron 20, y finalmente se seleccionaron y evaluaron en ensayos de laboratorio los tres péptidos que fueron patentados.

Por el momento estos péptidos pueden tener una aplicación inmediata in vitro en el laboratorio para pruebas que requieran bloquear o estimular al receptor NMDA, en vez de emplear toxinas. Sin embargo, a futuro se espera aplicarlos para desarrollar alternativas terapéuticas en tratamiento de patologías que afecten el sistema nervioso central principalmente.

“Los péptidos antagonistas ya los evaluamos en un modelo in vitro de isquemia en el que a una célula nerviosa se le expone a un estrés en el cual no va a tener oxígeno ni glucosa, que es su alimento principal; eso hace que empiece a activar muchas cosas y que finalmente la lleven a la muerte”, comenta el profesor Reyes.

En este sistema se evaluaron los péptidos antagonistas, evidenciando que estos eran capaces de activar procesos de neuroprotección con los que las células, a pesar de que sufrieran ese impacto, resistían un poco más que aquellas que no tenían el péptido.

“Nuestro objetivo a largo plazo es generar algún fármaco para este tipo de desórdenes que están mediados por una desregulación de este receptor”, concluye el docente.

FUENTE: AGENCIA DE NOTICIAS UNAL

Desarrollan una app para detectar hongos letales en bananos de Colombia

El hongo "fusarium" se detectó este mes en Colombia, lo que provocó una "emergencia nacional" en los cultivos de banano. Los investigadores han desarrollado una aplicación basada en IA para detectar la enfermedad.

Un hongo mortal que ha plagado las plantaciones de banano en partes de Asia durante tres décadas ahora se ha extendido a América Latina, el corazón de la producción, generando una alarma generalizada. Pero un equipo de investigadores internacionales ha creado una solución de alta tecnología para ayudar a los agricultores a limitar el daño.

Utilizando la inteligencia artificial (IA), los investigadores desarrollaron una aplicación para teléfonos móviles que puede identificar cinco enfermedades que afectan a las plantas de banano, incluida la marchitez por Fusarium o la enfermedad de Panamá. El hongo del suelo amenaza al banano Cavendish, una variedad que representa la mitad de la producción mundial de banano y la gran mayoría de las exportaciones internacionales.

El Instituto Colombiano Agropecuario (ICA) declaró una "emergencia nacional" a principios de este mes después de confirmar que la cepa de la enfermedad de la Raza Tropical 4 (TR4) se detectó en Colombia, el primer país de la región que se vio afectado. La aplicación diseñada por científicos del Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT) con sede en Colombia, el Instituto de Agricultura y Tecnología Imayam (IIAT), en la India, y la Universidad Texas A&M, en los Estados Unidos, puede detectar patógenos en una etapa temprana, permitiendo a los agricultores actuar con prontitud para detener la enfermedad.

Al utilizar más de 20,000 imágenes de plantas de banano infectadas por el marchitamiento de Xanthomonas, el hongo Fusarium, la Sigatoka negra y amarilla, el virus del racimo y los gorgojos del plátano, crearon un software que puede identificar los síntomas de cada una de estas enfermedades comunes del banano. Michael Gómez Selvaraj, investigador del CIAT y autor principal del artículo publicado en Plant Methods, dijo a SciDev.Net: "Después de un año logramos un 90 por ciento de precisión".

El plátano es una de las frutas más consumidas en el mundo, con exportaciones totales que superaron los 23 millones de toneladas en 2018, según un informe de la firma de investigación de mercado Mordor Intelligence.

La aplicación Tumaini, que significa "esperanza" en swahili, se probó en Colombia, así como en la República Democrática del Congo, India, Benin, China y Uganda. Los desarrolladores dicen que estará disponible gratuitamente para los sistemas operativos Android en el próximo mes, en cinco idiomas: español, inglés, francés, swahili y tamil.

"Los pequeños agricultores no tienen acceso a la ciencia y para los científicos es difícil obtener datos de plantaciones más pequeñas", dijo Gómez Selvaraj. "Es por eso que la aplicación pretende ser un puente entre estos dos mundos. “La aplicación es muy visual, por lo que si los agricultores no saben leer, también pueden usarla. Además, no necesita tener una conexión a Internet". Cada vez que un agricultor toma una fotografía y el sistema la escanea, esta información se alimenta a una base de datos global, que generará una imagen global del estado de las plagas.

Originalmente detectado en el sudeste asiático en la década de 1990, el hongo Fusarium TR4 había estado restringido al continente asiático hasta 2013, cuando se detectó el primer caso fuera de esa región, en Jordania.

Fernando García-Bastidas, investigador bananero de la empresa de biotecnología KeyGene, dijo a SciDev.Net: "En ese momento se detectó en seis países, pero hoy está presente en 18 y se sospecha que hay más". A principios de la década, el hongo causó pérdidas de 121 millones de dólares en Indonesia, 253 millones de dólares en Taiwán y 14 millones de dólares en Malasia, según muestran las cifras de la Organización de las Naciones Unidas para la Agricultura y la Alimentación.

La enfermedad, que ataca los vasos que transportan agua de la planta y hace que se marchite y muera, no tiene tratamiento, solo se pueden tomar medidas de contención. García-Bastidas, quien estuvo a cargo de coordinar el muestreo y el diagnóstico de la enfermedad en Colombia, dijo que el hongo pudo haber sido traído al país en los zapatos de los turistas que visitan las plantaciones de banano.

Si bien la aplicación Tumaini no habría podido reconocer la cepa específica, podría haber sido útil para identificar el hongo Fusarium, cree García-Bastidas. "La aplicación es claramente mucho más poderosa que el ojo humano", dijo. "Permite la vigilancia y un diagnóstico inicial que puede activar la alarma y permitir que las autoridades tomen medidas más rápido". 

Cuanto más se usa la aplicación, mejor es su precisión, ya que se alimenta con más información, agregó Gómez Selvaraj. Y, aunque el software fue creado especialmente para las bananas, el sistema también podría usarse en otros cultivos, como la yuca, los frijoles y la palma, dijo el investigador, que tiene grandes esperanzas en la aplicación. "En el futuro, esperamos que pueda conectarse con satélites y permitir el monitoreo satelital de enfermedades", agregó.

Fuente: El Espectador

¿Quién cuida a las cuidadoras de pacientes con cáncer?

A partir de la participación de 14 diadas, o parejas de paciente y cuidador, se comprobó que la mayoría de las personas que atienden a los enfermos de cáncer son mujeres de mediana edad que realizan múltiples tareas y que tienen una carga mayor al rol del cuidador masculino, lo que repercute en el deterioro de su calidad de vida.

La permanencia del cuidador o la ausencia de la familia, se refleja en los sentimientos de soledad del paciente

“La mayoría no había tenido una experiencia previa de cuidado y varias esposas lo relacionaron con el cuidado de los hijos, en cuanto al nivel de bienestar y calidad de vida percibido en los aspectos físico, psicológico-emocional, social y espiritual”, indica la investigadora Ángela María Cómbita, magíster en Enfermería de la Universidad Nacional de Colombia (UNAL).

Debido a su inexperiencia, algunos cuidadores admitieron usar internet como medio para buscar información acerca de la patología y el tratamiento. En el contexto hospitalario “expresaban la necesidad de recibir capacitación en los cuidados, procesos de enfermedad y trámites administrativos”.

Según lo percibido en las entrevistas a 13 cuidadores familiares, con edades entre 40 y 70 años, la diada atraviesa por diferentes etapas, en las que tiene que afrontar las barreras del sistema, como procesos administrativos o situaciones del sistema de salud; antes, durante y al egreso de la hospitalización, para tener oportunidad en la atención.

Al respecto, la investigadora considera que las situaciones por las que tiene que pasar la diada contradice el modelo de atención del cáncer que se propone desde el Ministerio de Salud y Protección Social.

“Según lo planteado, la atención debería ser integral, contar con la articulación de los diferentes representantes del sistema de salud que garanticen la prestación de los servicios de salud durante cada una de las etapas del proceso del cáncer, en este caso el de la hospitalización cuando sea necesaria”, afirma.

En el proceso de hospitalización de la diada se reconocieron siete fases durante la estancia: afrontar las barreras del sistema; entender la enfermedad y el tratamiento; convivir en otro espacio; replantear el vínculo de cuidado; buscar apoyo de otros; referir un soporte intangible y adquirir habilidades para continuar.

Cuidadores enfermos

A las dificultades por las que tienen que pasar, se suman las condiciones de salud de los cuidadores. Algunos de ellos padecían enfermedades crónicas y requerían de apoyo familiar para disminuir la sobrecarga percibida, independientemente del tiempo de cuidado diario o de hospitalización.

Además la permanencia del cuidador o la ausencia de la familia se refleja en los sentimientos de soledad del paciente, que se intensifican con el anhelo de recuperación frustrado en un tiempo no proyectado, reiterándose por la falta de información.

“El paciente percibe al cuidador en su rol de diferentes maneras y por su permanencia en el hospital hay más contacto y comunicación personal, hay tiempo para mirarse a los ojos, para charlar, compartir y en esa permanencia hay cuidados al cambiar su ropa, prevenir una caída o golpe, entre otros”, comenta.

Sin embargo también hay una especie de chantaje emocional, de reclamo por parte del paciente cuando el cuidador se ausenta, con el ánimo de llamar su atención. Además en el rol de cuidador hay expresiones de cansancio que evidencian que también se puede enfermar, por lo cual se busca ayuda apoyo en otro familiar y se pide claridad por parte del personal de salud del proceso que se está viviendo.

La magíster indica que “aunque en la atención hospitalaria el personal asistencial identifica un cuidador familiar principal, es conveniente tener en cuenta que la situación de la persona con cáncer también afecta a los demás miembros de la familia, por lo cual es importante valorar a la familia extensa para proteger su salud, incentivando las redes de apoyo disponibles”.

Tener en cuenta la diada como sujeto de cuidado en la institución permite brindar una atención de mayor impacto y autonomía buscando disminuir la carga de cuidado en cada uno de sus integrantes y en su familia.

Además, en la medida en que se soporta el conocimiento, la práctica y el vínculo de la diada como sujeto de cuidado con el equipo de salud, con soporte teórico e investigativo de enfermería, se facilita el reconocimiento de acciones responsables de cuidado.

FUENTE: AGENCIA DE NOTICIAS UN

Colombia ratifica su compromiso de luchar contra el mercurio

El Gobierno nacional reafirmó el Convenio de Minamata, acuerdo que le permitirá dejar de emitir unas 180 toneladas de mercurio al año, así como reducir, controlar y eliminar el uso de este químico, tanto en la minería como en la industria. La meta es que a 2023 el país esté libre de este contaminante.

Colombia, a partir de 2020, tendrá la facultad de prohibir la fabricación, importación y exportación de productos que contengan mercurio como, por ejemplo, bombillas, termómetros, tensiómetros, barómetros y pilas, entre otros.

La ratificación realizada este lunes por el Gobierno nacional del Convenio de Minamata, le permitirá, además, implementar acciones que propendan por reducir, controlar y eliminar el uso de este químico, tanto en la minería como en la industria. Y es que de acuerdo con el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible, cerca del 55% del mercurio usado en el territorio nacional se destina a la minería de oro, a la extracción ilícita de minerales y a la producción de algunos elementos industriales.

Adicionalmente, el Estado podrá realizar alianzas estratégicas con otros países, de acuerdo a las prioridades nacionales, en temas como la remediación y recuperación de sitios contaminados con mercurio y buscar la mejora en la calidad del aire que respiran los colombianos.

En la negociación y ratificación del convenio participaron los ministerios de Ambiente, Minas y Energía, Salud y Protección Social, Comercio, Industria y Turismo, Defensa y de Trabajo. Así mismo, la Cancillería, la Agencia Nacional de Minería, los Institutos de Investigación Ambiental, la Policía Fiscal y Aduanera, y las Corporaciones Autónomas Regionales, que tendrán un rol crucial en su implementación.

FUENTE:REVISTA SEMANA 

La realidad de la Amazonia colombiana no es diferente a la de Brasil

En la Amazonia colombiana el año pasado se perdieron más hectáreas por quemas, que por deforestación. Los incendios se han convertido en una grave problemática que no es diferente a lo que hoy se vive en Brasil. El llamado es a preservar estas áreas clave para la salud del planeta.

Zona del parque Chiribiquete afectada.

El Parque Nacional del Chiribiquete fue uno de los afectados por los incendios en los primeros meses de este año.  El Parque Nacional del Chiribiquete fue uno de los afectados por los incendios en los primeros meses de este año.

Mientras las alarmas están prendidas por los incendios que arrasan más de 500 mil hectáreas de la Amazonia brasileña, en Colombia esta problemática no es menor y tampoco es distinta De acuerdo con datos de diversos sistemas de monitoreo, se estima que en 2018 fue más lo que se quemó que lo que se deforestó.

Los datos indican que el número de hectáreas que se perdieron por conflagraciones en la Amazonia colombiana puede alcanzar las 200 mil, mientras que las cifras de deforestación en la misma región fueron de 135.000, lo que indica que se quemaron 65 mil hectáreas más que lo deforestado de bosque.

La realidad colombiana no es diferente a la de Brasil. Así como sucede en el país carioca, en las épocas de temporadas secas los incendios se propagan, poniendo en riesgo ese gran patrimonio de la humanidad.

Rodrigo Botero, director de la Fundación para la Conservación y el Desarrollo Sostenible, dice que en Colombia, al igual que en Brasil, la problemática de deforestación y posteriores incendios obedece principalmente a factores como: la ampliación de la frontera agrícola, el acaparamiento de las tierras y la tala en áreas protegidas, resguardos indígenas y parques naturales.

Explica que cuando se dan esos procesos de apropiación se registra esta problemática. Las personas tumban bosque que dejan en el suelo por unos 70 o 90 días y cuando llega la temporada más seca lo queman, generando los incendios que terminan también afectando a los árboles en pie.

FUENTE: REVISTA SEMANA

Diseño in silico y evaluación de acoplamiento molecular de péptidos derivados de bacteriocinas y defensina-2 porcina como inhibidores de la proteína de la cápside del virus de la hepatitis E

El virus de la hepatitis E (HEV) se considera el principal agente etiológico que causa la hepatitis aguda. Se estima que 20 millones de casos ocurren anualmente en todo el mundo, alcanzando tasas de mortalidad del 28% en mujeres embarazadas.

Acoplamiento molecular

El virus de la hepatitis E (HEV) se considera la causa más común de hepatitis aguda e ictericia, especialmente en los países en desarrollo, mientras que en los países desarrollados, las infecciones por HEV se consideran una zoonosis emergente. El HEV es un virus de ARN de una sola hebra no envuelto de la familia Hepeviridae y se clasifica en cuatro genotipos (genotipo 1-4), y aunque se sabe que puede infectar una amplia gama de hospedadores de vertebrados, el cerdo doméstico se considera el reservorio principal; en Colombia, la sangre y las heces de los mataderos de cerdos fueron 100% positivas para IgG, y un 25% de los hígados de cerdo vendidos en tiendas de comestibles fueron positivos para HEV.

 Se piensa que el consumo de agua contaminada con virus, productos animales y manipulación de animales infectados es la forma en que los trabajadores agrícolas se convierten en la población más susceptible, alcanzando un 15.7% de anticuerpos anti-HEV en algunas regiones de Colombia. Se estima que un tercio de la población mundial está infectada con el HEV y la tasa de mortalidad es del 1%, pero el riesgo aumenta en mujeres embarazadas y en pacientes inmunocomprometidos, en los que la infección puede alcanzar hasta el 28 y el 10%, respectivamente.

La estructura de la proteína de la cápside del VHE se seleccionó en función de su importancia para la entrada del virus a la célula huésped y se recuperó del Banco de Datos de Proteínas (ID de PDB: 3RKC), teniendo en cuenta que esta estructura tiene la resolución más alta (1.79 Å) Entre todas las proteínas reportadas de este virus. La estructura se preparó con herramientas PMV-1.5.6 que eliminan las moléculas de agua del sistema, agregando solo hidrógenos polares y calculando las cargas de Gasteiger para minimizar la energía. La estructura minimizada se guardó como un archivo PDBQT para los experimentos de acoplamiento.

FUENTE: In-silico design and molecular docking evaluation of peptides derivatives from bacteriocins and porcine beta defensin-2 as inhibitors of Hepatitis E virus capsid protein

Modelo se acerca más a la genética de los colombianos

La herramienta diseñada permite realizar análisis más eficientes de las variaciones genéticas en la población colombiana a partir de los pocos datos con los que se cuenta en el país, lo que contribuiría a entender aquellas que pueden causar diversos síndromes y enfermedades.

El modelo tambien brinda datos sobre la distribucion por genero, rangos de edad y su posible relacion
con el fenotipo Fotos: Jennifer Velez.

Esta es la propuesta en la que trabajó Jennifer Vélez Segura, magíster en Bioinformática de la Universidad Nacional de Colombia (UNAL), quien diseñó e implementó un modelo que permite realizar asociaciones entre variantes identificadas en regiones codificantes de genes –partes del material genético que suelen estar relacionadas con enfermedades– y datos clínicos que apoyen el diagnóstico en pacientes.

Según la magíster, el proyecto surge de la necesidad de hacer este tipo de análisis específicamente en la población colombiana, pues aunque gracias al desarrollo mundial de la tecnología de secuenciación del ADN hoy existen muchos métodos para hacerlos, estos se deben realizar con poblaciones previamente caracterizadas, trabajo que no se ha hecho en el país.

Mediante la tecnología de secuenciación del ADN es posible conocer la información genética heredable que forma la base de los programas de desarrollo de los seres vivos.

La propuesta que se plantea es analizar esos datos sin tener que compararlos con los de otras poblaciones, sino utilizando los que tenemos”, manifiesta la investigadora. Aunque generalmente se emplea información del genoma completo, en este caso se empleó un panel de 4.813 genes, que no cubre la mayor cantidad de aquellos que son codificantes en el ser humano.

Dichos datos fueron donados por el laboratorio privado Genetix SAS, que permitió el acceso a la información genética de 227 pacientes y a sus historias clínicas, con la intención de recibir ayuda de la academia para resolver el problema de cómo realizar análisis más efectivos.

Este fue el punto de partida para diseñar el modelo de análisis, en el que se integraron tres componentes: un pipeline (técnica informática en la que se ordenan de manera determinada los procesos) para la identificación de variantes; un análisis textual de historias clínicas y un modelo de asociación usando reglas sobre las variantes y los grupos de pacientes.

El objetivo del pipeline para identificar variantes era minimizar el error generado en el proceso de secuenciación, mientras que el análisis textual tenía como propósito identificar grupos de pacientes con patologías similares, según el contenido de sus historias clínicas, con lo que se obtuvieron como resultado cinco grupos de pacientes.

La utilización de técnicas de minería de datos (con las que se trabaja con gran volumen de información) permitió realizar análisis alternativos a los datos genéticos, como la distribución de las variantes en una población, mirando no solo el contexto del gen sino la distribución por género, rangos de edad y su posible relación con el fenotipo (características físicas), además del estado alélico de las variantes, que se refiere a cada una de las formas alternativas que puede tener un mismo gen y que se puede manifestar en modificaciones de su función.

Con la herramienta se realizó un análisis específico para los genes CFTR y RB1 que previamente se han asociado con fibrosis quística (enfermedad hereditaria de las glándulas mucosas y sudoríparas) y retinoblastoma (cáncer ocular que comienza en la parte posterior del ojo).

A través del modelo se identificaron polimorfismos para el CFTR, lo que quiere decir que este mismo gen se presenta de diferentes formas dentro de los pacientes analizados, las cuales ya se habían identificado en otras poblaciones y no se encontraban asociadas con la expresión de la enfermedad.

Con respecto al RB1 sí se encontró que había variantes patogénicas, es decir que ocasionaban que el paciente desarrollara retinoblastoma. Lo particular es que se encontró que uno de los individuos portadores del gen presentaba la enfermedad, mientras otros dos no. Con este análisis se corroboró que el modelo es capaz de hacer la caracterización de una población y de buscar variantes que se puedan asociar con una enfermedad específica.

Además de esto se desarrolló una interfaz gráfica que permite visualizar esos resultados de manera interactiva para que una persona que no tenga conocimientos de programación, como el personal médico que realice estudios epidemiológicos, también puedan acceder al modelo de análisis.

FUENTE:AGENCIA DE NOTICIAS UN

Un sistema de control universal para redes de genes sintéticos

Se ha informado un módulo para implementar un control de retroalimentación robusto en redes celulares sintéticas. Primero se demuestra matemáticamente que su diseño es universal para todas las redes, y luego se implementa en células vivas.

Cualquier persona que haya vivido sin calefacción y refrigeración central ha tenido que aprender las combinaciones correctas de abrir ventanas, encender radiadores o ajustar persianas para obtener la temperatura adecuada. Los termostatos modernos eliminan todo eso: los configura una vez y los controladores incorporados hacen el resto, independientemente de los cambios en el clima o el tipo de hogar. La temperatura todavía puede variar un poco, pero siempre que los calentadores y los enfriadores estén diseñados correctamente, debe variar alrededor del punto de ajuste, en lugar de limitarse simplemente a eliminar el frío o el calor.

Escribiendo en Nature, Aoki y sus colegas informan un sistema análogo para reacciones químicas en células vivas. Específicamente, diseñan un módulo de reacción en el que dos componentes se secuestran entre sí, y muestran que agregar esto a casi cualquier red puede forzar a la salida del sistema a mantener un valor preciso que sea proporcional a una señal de entrada, de una manera que sea robusta tanto a las perturbaciones externas como a la incertidumbre en los parámetros internos, un comportamiento conocido como adaptación perfecta robusta.

Los resultados son sorprendentes por dos razones. Primero, la mayoría de los circuitos bioquímicos auto-correctivos simplemente amortiguan los efectos de los cambios externos, en lugar de compensarlos perfectamente. Por ejemplo, al reprimir automáticamente su propia producción, las proteínas pueden hacer que sus abundancias respondan menos a los cambios de parámetros de lo que serían de otra manera, pero aun así responden en cierta medida, Por lo tanto, tales sistemas se conocen como reguladores homeostáticos porque mantienen niveles de proteína similares (homeo), en lugar de iguales (homo). Segundo, el impacto de agregar reacciones adicionales a una red biomolecular generalmente depende del contexto. Por ejemplo, agregar un paso de represión podría crear un bucle de retroalimentación positivo o negativo, dependiendo del resto de la red. Por lo tanto, la mayoría de los sistemas han sido modelados y diseñados caso por caso,

El enfoque adoptado por Aoki y sus colaboradores es tan sorprendente como sus resultados. Cualquiera que trabaje con biólogos sintéticos eventualmente los escuchará citar las últimas palabras que el físico Richard Feynman escribió en su pizarra: "Lo que no puedo crear, no lo entiendo". Sin embargo, Feynman se refería a derivaciones matemáticas en lugar de a la construcción de lo real. Los sistemas mundiales, como las redes biológicas, y el artículo de Aoki y sus colegas es uno de los pocos en biología sintética que realmente cumple con la cita. Los autores comenzaron por derivar reglas matemáticas exactas que se aplican a amplias clases de sistemas de reacción química, y solo entonces procedieron a construir sistemas físicos que ilustran la regla.

Aunque los resultados de los autores se refieren a la abundancia promedio de moléculas en una población de células, se derivaron utilizando marcos que explican la aleatoriedad inherente de los eventos de reacción individuales en las células individuales. Esto podría parecer una distinción sutil: contabilizar matemáticamente los mecanismos probabilísticos pero luego predecir solo los promedios de las distribuciones estadísticas resultantes. Pero para la mayoría de las redes químicas, en las que las tasas de reacción a menudo dependen no linealmente de las concentraciones, es necesario tener en cuenta las reacciones probabilísticas incluso para predecir los promedios correctos. El inusual nivel de rigor de Aoki y sus colegas a este respecto hace que sus resultados sean mucho más sólidos.

Más específicamente, los autores se centraron en una arquitectura de sistema conocida como control de retroalimentación integral antitética, en la que la retroalimentación se implementa mediante un actuador y moléculas sensoras que se unen irreversiblemente entre sí. Si cada molécula de sensor encuentra constantemente una molécula actuadora asociada, entonces el sistema detecta que la salida coincide correctamente con la entrada. Si, en cambio, hay demasiadas o muy pocas moléculas sensoras, las moléculas del actuador ajustan automáticamente la producción de sensores para tratar de obtener el equilibrio correcto, como un "sistema de compinche" molecular. Aoki et al. compruebe matemáticamente no solo que este circuito tiene la capacidad de implementar una adaptación perfecta y robusta en cualquier red de reacción química, sino también que todas las redes que exhiban una adaptación perfecta y robusta deben en algún nivel incorporar este tipo de motivo de retroalimentación antitética.

Los autores continuaron demostrando que su arquitectura de control teórico puede implementarse en células vivas. Se centraron en un sistema que incorpora proteínas llamadas factores σ, que regulan el inicio de la expresión génica en las bacterias. Algunos factores σ son secuestrados por los socios de unión (factores anti-σ), como el factor σ SigW de la bacteria Bacillus subtilis y su factor anti-σ RsiW. Los investigadores integraron SigW en la bacteria modelo Escherichia coli., y lo usó para regular la expresión de una proteína fluorescente verde (GFP) como informador de la expresión génica. Luego, acoplaron la activación de los genes productores de GFP a la producción de RsiW, que posteriormente secuestra SigW. Los niveles de SigW también estaban regulados por una pequeña molécula que induce la expresión del gen sigW y que actúa como una entrada al circuito. Si el circuito funcionó como se esperaba, entonces la cantidad de fluorescencia verde producida por las células de E. coli debe ser proporcional a los niveles de SigW, y en estado estable debe ser independiente de cualquier otro parámetro.

Por supuesto, Aoki et al. Mostró que la variación de la concentración del inductor podría usarse para controlar la salida de GFP como se esperaba. Sin embargo, cuando el sistema se vio afectado por la adición de una enzima proteasa que degrada tanto la GFP como una proteína que afecta a la producción de RsiW, la señal de fluorescencia cambió de forma transitoria pero luego regresó a un nivel que no se podía distinguir del valor de inicio, lo que demuestra que el circuito sí muestra una robustez. perfecta adaptación, Por el contrario, en un sistema análogo que carecía de control de realimentación, la misma perturbación disminuyó sistemáticamente la concentración de GFP a aproximadamente la mitad de su valor inicial. Los autores incluso reemplazaron GFP con una proteína que regula el crecimiento celular y, por lo tanto, produjeron una E. coli. tensión que creció a una tasa constante, a pesar de los cambios en los factores que de otro modo alterarían la tasa de crecimiento.

Una posible dirección futura para tal trabajo es estudiar el circuito en celdas individuales, en lugar de sus efectos promedio en las poblaciones. Por un lado, el trabajo reciente sugiere que los circuitos de este tipo podrían aumentar las fluctuaciones espontáneas, como también se ha informado para clases relacionadas de esquemas de reacción. Por otro lado, el trabajo teórico publicado anteriormente del mismo grupo de investigación que el de Aoki et al. sugiere que las arquitecturas de circuitos más complejas podrían exhibir una adaptación perfecta y robusta sin amplificar las fluctuaciones espontáneas. Dicho comportamiento será necesario para garantizar que los circuitos puedan realizar funciones cuantitativas precisas en cualquier celda dada, a pesar del ruido y la incertidumbre inherentes. De la misma manera que la reducción de las tasas de error en los circuitos digitales fue esencial para el desarrollo de las computadoras modernas, la capacidad de diseñar subredes de circuitos celulares que funcionen de manera precisa y robusta probablemente será necesaria mientras buscamos ensamblar sistemas celulares sintéticos complejos comparables a los que se encuentran en la naturaleza.

FUENTE:NATURE

¿Cómo afectan los incendios de la Amazonia de Brasil la calidad del aire en Colombia?

La emergencia ambiental que viene sucediendo en el territorio amazónico brasileño traerá consecuencias a Colombia. La contaminación del aire, los cambios en el ciclo hídrico y la pérdida de servicios ecosistémicos, son algunas.

 Entre enero y agosto de 2019 se han registrado 72.843 focos de incendios en la Amazonia de Brasil, frente a 39.759 en el período del año pasado. Foto ilustración: archivo/Semana

La Amazonia arde y su riqueza se vuelve cenizas. La voracidad y avaricia de unos pocos, las sentirá todo el mundo, incluyendo las ciudades. 

Las grandes urbes no solo se verán afectadas por la reducción del aporte de agua que este pulmón del planeta dejará producir tras la quema de su biodiversidad, sino además por la contaminación atmósférica que generan esta clase de incendios. 

El material particulado, también conocido como PM, se encuentra suspendido en el aire y puede viajar incluso miles de kilómetros. 

Un estudio realizado por de la Universidad de los Andes demostró, por ejemplo, que es posible que las conflagraciones en la Orinoquía y el sur del país, puedan afectar la calidad del aire de algunas ciudades como Bogotá, Medellín y Bucaramanga, pese a estar ubicadas a más de 1.200 kilómetros de distancia del centro del país, por cuenta de la recarga de humo, hollín y otros contaminantes que son transportados por el viento, que según Ricardo Morales, profesor del departamento de Ingeniería Civil y Ambiental de la Universidad de los Andes, es determinante, pues las masas de aire contaminadas pueden viajar cientos de kilómetros y en tiempo récord. 

En el mundo se ha demostrado que el transporte de contaminantes a largas distancias puede ser muy significativo; por ejemplo, el polvo del Sahara haciendo un viaje transatlántico hasta el Caribe, o los incendios de Siberia afectando la calidad del aire en Estados Unidos. Claro está, mientras más lejos sean transportadas estas masas de aire, su impacto sobre la calidad del aire será menor, pues los contaminantes se diluyen lentamente y las concentraciones van disminuyendo a medida que dichas masas viajan", afirmó el docente, quien agregó que el humo de un fuego voraz tarda solo tres días en llegar al centro del país, dependiendo de la velocidad del viento. 

Cuando un incendio logra cierta altura, el humo asciende a la atmósfera y es transportado a grandes distancias por el régimen de los vientos alisios. Pero no es solo material particulado, una quema emite otros contaminantes como monóxido de carbono y carbón negro y marrón”, aseguró. 

Sin embargo, hizó énfasis en que esta clase de afectación es episódica y ocurre con mayor probabilidad entre los meses de enero y marzo, temporada de sequía en Colombia. 

El estudio reflejó también que entre 2006 y 2016 hubo más de 400.000 incendios forestales en la Orinoquía colombo-venezolana y que esas quemas representaron el 11% de las variaciones anuales de CO para Bogotá.

Otro estudio adelantado por la Universidad Nacional demostró que los centros poblados más cercanos a la Orinoquía recibieron un mayor impacto por cuenta de los incendios. Los investigadores monitorearon el aire de Arauca y Yopal en época de conflagraciones y los resultados fueron sorprendentes. Se encontraron concentraciones superiores a los 100 microgramos por metro cúbico de material particulado, un valor tres veces mayor a los que disparan las alertas en Bogotá. 

Luis Belalcázar, docente e ingeniero químico de la Nacional, explicó que los incendios forestales en Brasil eran comunes hacia mediados de año, una época en la que los vientos venían desde el sur del continente. 

“Sin lugar a dudas, estas quemas afectan la calidad del aire de la parte baja de Colombia, aunque creo que los contaminantes no alcanzan a llegar hasta el centro del país”, dijo a Semana.  

Argumento que compartió Morales, quien sostuvo que dada distancia de las grandes ciudades del país con la zona donde se vienen registrado los incendios en Brasil (más de 2.000 kilómetros), el impacto será mucho menor que el experimentado por urbes como Sao Paulo, que está enfrentando una severa crisis de calidad del aire por cuenta de las llamas en la Amazonia. 

"Dada la gran magnitud de esta temporada de incendios y la extensión de los mismos, es concebible que estas masas de aire puedan viajar hacia Colombia, pero muy débiles, según el monitoreo remoto con satélites que muestran que esto está ocurriendo", apuntó. 

Jorge Bonilla, ingeniero forestal y Ph.D. en economía, anotó que los incendios incidían en la comtaminación de las ciudades, pero no eran el principal factor, al señalar que el uso de combustibles fósiles en camiones, buses, motos, etc., así como en las chimeneas de las industrias, eran la principal causa. 

El impacto de las conflagraciones no es de gran magnitud, a menos que fueran permanentes, muy cercanos y duraran mucho tiempo", manifestó Bonilla, quien advirtió sobre las implicaciones a la salud que el material particulado puede generar, ya que según la Organización Mundial de la Salud (OMS) este es el contaminante atmosférico más perjudicial. 

Otras consecuencias

A la contaminación del aire hay que sumarle otros efectos que la deforestación de la Amazonia de Brasil puede conllevar. La parte del bioma amazónico que posee Colombia (40%), junto a Bolivia, Perú, Venezuela, Ecuador, Guyana y Surinam, también se encuentra en riesgo. Esto por cuenta de que gran parte de las zonas que el presidente Jair Bolsonaro pretende habilitar para la explotación agrícola, ganadera, minera y energética se ubican en este bosque, del que el país ‘carioca‘ posee el 60% de su área total. 

Los ecosistemas son continuos, no están limitados en las fronteras, entonces si de un lado van a extraer o explotar recursos naturales, a nosotros igual nos va a afectar", indicó Martin von Hildebrand, etnólogo y antropólogo, quien considera que cualquier intervención que avale el gobierno de Brasil en su frontera puede traer consecuencias para Colombia.

"Así como los ríos nacen aquí y desembocan allá, allá nace el vapor y llega acá por medio de las nubes, eso quiere decir que toda el agua que baja se devuelve, entonces si comienzan a deforestar eso nos afecta a nosotros por cuenta del ciclo hídrico", apuntó.

Se teme, además, que por el aumento de la tala de árboles en la Amazonia, para el año 2050 mucha de su capacidad forestal haya desaparecido definitivamente y se incremente el tráfico de flora y fauna, poniéndose en riesgo las especies que se han podido conservar y recuperar hasta ahora en el bioma.

Dentro de todos los servicios ecosistémicos globales que tiene la Amazonia, uno del que poco se habla es el de guardar el stock de carbono para evitar su emisión a la atmósfera. Si perdemos esa capacidad habrá consecuencias importantes para el tema de regulación de clima, agua y el aporte de líquido al planeta", explicó Luz Marina Mantilla, directora general del Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas (Sinchi).

FUENTE: REVISTA SEMANA

Cómo se expresan las mutaciones en la producción de células sanguíneas

Un método para detectar mutaciones y medir los niveles de expresión génica en la misma célula ha permitido una investigación sobre los efectos de las mutaciones en un gen específico en la aparición de una forma de cáncer de la sangre.

Las células que circulan en el torrente sanguíneo realizan diversas funciones y, en adultos, se derivan de células progenitoras en la médula ósea. Las mutaciones en las secuencias de ADN de las células progenitoras pueden conducir a cambios en el desarrollo de las células sanguíneas, que a veces resultan en cáncer. Debido a las limitaciones técnicas, el esclarecimiento de los efectos de las mutaciones progenitoras en el desarrollo de las células sanguíneas ha sido un desafío. Escribiendo en Nature , Nam et al. Reportar un método para detectar mutaciones y la medición de la expresión génica en células progenitoras de sangre individuales, y utilizarlo para analizar una mezcla de progenitores con o sin mutaciones en un gen del cáncer de ligado. Muestran que los progenitores que tienen la misma mutación pueden dar lugar a células con diferentes perfiles de expresión génica.

La hematopoyesis, el proceso a través del cual las células sanguíneas maduras se forman a partir de los progenitores, está estrechamente regulado. La "decisión" que toman las células progenitoras en cuanto a qué tipo de célula se va a convertir generalmente está determinada por las señales que reciben de su entorno inmediato. Sin embargo, las mutaciones que a veces surgen en estas células progenitoras pueden hacer que las señales se bloqueen, se amplifiquen en exceso o simplemente se ignoren, lo que da como resultado el enriquecimiento o el agotamiento de tipos celulares específicos y, en algunos casos, la producción de clones cancerosos. Comprender cómo las mutaciones en las células progenitoras conducen a cambios en la producción de diferentes tipos de células es una pregunta clave.

Investigar cómo las mutaciones en una célula progenitora afectan su expresión génica y, por lo tanto, su identidad y función, ha sido un gran desafío, en gran parte porque las células mutantes pueden ser raras y con frecuencia no expresan marcadores moleculares que pueden usarse para separarlos físicamente de los no mutantes. Células. Se han utilizado estrategias para detectar simultáneamente las diferencias genéticas y medir la expresión génica en células individuales para asignar células de una mezcla de células sanguíneas inmunes a su donante humano de origen, y para estudiar los cambios en las poblaciones de células hospedadoras y donantes en individuos con un tipo del cáncer de sangre que recibió trasplantes de células madre. Sin embargo, los enfoques combinados no se han utilizado ampliamente para examinar los efectos de las mutaciones en los genes asociados con el cáncer en el desarrollo de células sanguíneas.

Nam et al. diseñó un método llamado 'genotipado de transcriptomas' (GoT) al combinar una plataforma existente para perfilar la expresión génica con una técnica para amplificar una secuencia genética específica para detectar mutaciones en ella. Utilizaron este método para analizar miles de células progenitoras extraídas de la médula ósea de cinco individuos con un tipo de cáncer de la sangre causado por mutaciones en el gen CALR , y que se caracteriza por la sobreproducción de células plaquetarias. GoT permitió a los autores determinar cuáles de las células muestreadas tenían una mutación CALRy cuáles no.

Los autores utilizaron un análisis estadístico para "agrupar" las células progenitoras muestreadas en diferentes tipos en función de sus perfiles de expresión génica. Todos los tipos identificados contenían ambas células con y sin la mutación CALR . Sin embargo, las células mutantes CALR tenían más probabilidades de seguir ciertas vías de diferenciación y, por lo tanto, de convertirse en ciertos tipos de células sanguíneas. Además, Nam y sus colegas encontraron que los efectos de la mutación, cuando estaban presentes en las células progenitoras, eran notables solo en etapas posteriores de la diferenciación celular; la progenie de CALRLas células mutantes eran más abundantes que la progenie de sus contrapartes no mutantes y tenían un perfil de expresión génica distinto. Tales observaciones no habrían sido posibles utilizando técnicas estándar, lo que demuestra el valor de este método.

Aunque GoT tiene sus limitaciones, probablemente se pueden abordar adaptándolas a los nuevos flujos de trabajo de una sola celda. Primero, GoT actualmente requiere que la identidad del gen mutado, o un pequeño conjunto de genes potencialmente mutados, sea conocida de antemano. Como ejemplo, los autores utilizaron una versión multiplexada de su análisis que puede dirigirse simultáneamente a múltiples partes preespecificadas de la secuencia genética para probar tres genes. Si no se han especificado previamente mutaciones específicas, genes o regiones del genoma para el análisis (por ejemplo, sobre la base de una asociación con la progresión de la enfermedad), los análisis multiplexados pueden, en teoría, utilizarse para cubrir grandes paneles de genes; sin embargo, esto podría no ser rentable.

En segundo lugar, GoT es menos eficaz para detectar mutaciones que ocurren cerca de la mitad de un gen que aquellas que ocurren cerca de los extremos. Una solución a este problema sería utilizar una plataforma de menor rendimiento que permita el análisis de transcripciones de ARN de longitud completa en células individuales; en teoría, este enfoque podría detectar mutaciones en cualquier parte de las partes de los genes que codifican ARN. Nam et al. presentar un enfoque alternativo al mostrar que una técnica llamada secuenciación de nanoporos, en la cual las transcripciones completas se secuencian al pasarlas por un pequeño poro, es compatible con su plataforma de alto rendimiento.

En tercer lugar, GoT no puede detectar mutaciones en secuencias genéticas que no se transcriben, pero que pueden afectar la expresión génica. La investigación de tales secuencias podría ser posible mediante la combinación de GoT con una técnica que mida cuán accesibles son ciertas secuencias de ADN en una célula a las enzimas.

Un artículo reciente usó un enfoque diferente de alto rendimiento para implementar una estrategia de amplificación dirigida similar para estudiar un cáncer de sangre que se cree que fue causado en parte por la interrupción de la hematopoyesis por mutaciones de células progenitoras. Los autores de ese artículo también identificaron un conjunto de genes que se coexpresaron solo en progenitores malignos (es decir, células progenitoras con una mutación asociada al cáncer) y describieron un enfoque de aprendizaje automático que usaba datos de expresión génica para distinguir los malignos. células de células no malignas, incluso sin utilizar información de secuencia de genes preespecificada. Sería interesante ver si el mismo enfoque de aprendizaje automático podría utilizar los datos de expresión génica de Nam y sus colegas para distinguir las células malignas de las células no malignas. La obtención de información de la secuencia de genes a partir de células individuales sigue siendo más difícil que evaluar la expresión de genes; por lo tanto, un método para predecir la malignidad únicamente sobre la base de la expresión génica de una sola célula tendría amplias implicaciones clínicas.

En teoría, GoT y enfoques similares podrían utilizarse para estudiar cualquier tipo de cáncer. Tienen el potencial de determinar con precisión los efectos de las mutaciones en los genes conocidos en los estados de desarrollo celular posteriores y de establecer si ciertas mutaciones son suficientes para inducir el cáncer. Estas ideas, a su vez, podrían arrojar luz sobre los mecanismos que subyacen a la evolución de los linajes clonales de las células en el cáncer.

FUENTE: NATURE