Nuevo centro de investigación en bioinformática

“Para la Universidad del Valle, la apertura del Centro de Investigación e Innovación en Bioinformática y Fotónica – CIBioFi representa grandes esfuerzos presupuestales. No obstante, los esfuerzos se ven reflejados en la contribución al desarrollo regional y, sobre todo, a la formación integral de nuestros estudiantes”, dijo el vicerrector de Bienestar Universitario con funciones delegadas de rector Guillermo Murillo, durante el acto de lanzamiento de este centro de investigación.

“La Universidad, como institución fundamentada en la investigación, siempre ha buscado las acciones estructurales que permitan su desarrollo, lo cual se ve reflejado en el número y calidad de sus centros, institutos y grupos de investigación. La producción intelectual de sus profesores, la visibilidad del conocimiento que se genera por medio de las publicaciones, son aspectos que permiten decir que la Universidad del Valle es una de las cuatro instituciones de educación superior más importantes del país”, añadió.

CIBioFi, proyecto financiado por el Sistema General de Regalías, es una institución que promueve la interacción entre distintas áreas del conocimiento, como las ciencias básicas y la ingeniería, mediante la aplicación y el uso de las propiedades de la luz y la biotecnología, para resolver problemas que afectan campos prioritarios de desarrollo científico, con impacto directo en la agroproducción regional, la integridad del medio ambiente y el bienestar de los ciudadanos.

CIBioFi es liderado por el docente de Física Dr. John Henry Reina, de la Facultad de Ciencias Naturales y Exactas de la Universidad del Valle.

Son nueve grupos de investigación en las áreas de Física, Química, Biología, Bioinformática y Medio Ambiente, de la Universidad del Valle, la Universidad Nacional (sede Palmira) y la Universidad Icesi los que trabajarán en el nuevo centro. Además, cuenta con el apoyo del Estado y el sector empresarial con aliados como el Servicio Geológico Colombiano, Arrocera La Esmeralda (Arroz Blanquita), Hugo Restrepo y Cia. y Agro AP Agricultura de Precisión.

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Genomics in Education Workshop - University of Delaware

Feb 1, 2016	9:00 AM - 5:00 PM
Feb 2, 2016	9:00 AM - 5:00 PM

REGISTER Here

This free workshop empowers college faculty to integrate modern methods for genome analysis into courses and student research projects. All the resources presented in the workshop are produced by the iPlant Collaborative, a NSF-funded project to develop a computer infrastructure for life science research (www.iplantcollaborative.org). Instruction, workshop materials, and lunches are provided by NSF grant funding.

Genomics in Education focuses on DNA Subway, a website that introduces students to sophisticated bioinformatics though an easy-to-use interface. The Red Line assembles mathematical and biological evidence for gene structure and function. The Yellow Line identifies related genes in sequenced genomes. Blue Line integrates DNA barcode information from wet lab experiments to identify organisms, construct phylogenetic trees, and publish sequence data to the scientific community. The Green Line introduces high-throughput sequencing through the investigation of an RNA-Seq dataset for differential expression.

Who should attend?

Biology educators working with undergraduate students are our primary focus. However, educators working with advanced high school students, or graduate students and post-docs with teaching responsibilities will also benefit from attending.

What will we do at the workshop?

The majority of the workshop will focus on using the DNA Subway website to analyze DNA sequence with a variety of outcomes. We will understand how to determine the structure and function of genes, and learn more about the genomes of organisms around us. We will also do a hands-on DNA extraction (bring a leaf from your favorite plant) and use DNA Subway to identify the organism by DNA sequencing.

Some examples of the how DNA Subway has been used for student projects can be found here:

• http://www.urbanbarcodeproject.org/

• http://www.dnabarcoding101.org/

What do I need to bring?

Please bring a Wi-Fi enabled laptop (additional suggestions for updates will be provided before you come). Lunches will be provided, but participants are responsible for all travel costs.

Key concepts embodied by the lab and bioinformatics work include:

• DNA sequence is information.

• Gene annotation adds meaning to DNA sequence.

• A genome is more than protein coding genes.

• Genomes are complex and dynamic.

• The concept of a gene and a species continue to evolve.

• DNA barcoding bridges molecular genetics, evolution, and conservation biology

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Semilleros de investigación. Conocimiento e innovación

Uno de los objetivos claves en la labor del Centro de Bioinformática y Biología Computacional de Colombia – BIOS, es el apoyo y acompañamiento de los interesados en aprender sobre big data, biotecnología ,neurociencia y muchos otros temas, a través de iniciativas interinstitucionales como los semilleros de investigación.

Estos semilleros surgen como respuesta a la necesidad de brindar a los estudiantes espacios académicos donde fortalecer las dinámicas propias de la metodología de la investigación formativa. Es así como los alumnos y docentes unen esfuerzos para vivir de manera práctica los procesos de investigación.

Desde hace un año la Universidad Nacional sede Manizales, la Universidad Autónoma de Manizales y la Universidad de Caldas con BIOS pusieron en funcionamiento un semillero de investigación de computación distribuida y altas de prestaciones y hace pocos días se puso en marcha uno más con la Universidad Católica de Manizales sobre biotecnología.

El semillero de investigación de computación distribuida y altas de prestaciones cuenta con 3 líneas de investigación:

-Con la Universidad de Caldas: trabajos manycore/multicore, que tiene que ver con infraestructura de computación de alto desempeño. Integraron la infraestructura computacional de BIOS con la de la institución de educación superior para trabajar colaborativamente con el fin de simular procesos de comportamiento del corazón.

-La segunda línea es sobre paralelización y optimización de algoritmos con la Universidad Nacional sede Manizales. Aquí están avanzando en poner a prueba en la computadora de BIOS algo que se llama atractor de Lorenz, un sistema de ecuaciones que predicen cambios climáticos. Trabajaron con cerca de 8 millones de datos, que en una computadora normal tomarían 12 horas para su análisis, los cuales en el data center del Centro fueron solo 3 segundos. Muestra clara de la capacidad computacional, ahora continuarán en la búsqueda de soluciones para un problema que tiene la UPRA (Unidad de planificación Rural Agropecuaria) sobre distribución eficiente de tierras a nivel nacional.

-La tercera línea es sobre bioingeniería con la Universidad Autónoma de Manizales. Están centrados en hacer estudios de neuroingeniería y bioingeniería para mejorar los tratamientos para accidentes cerebrovasculares y el alzhéimer.

Hace pocos días se puso en marcha el semillero de investigación en biotecnología con la Universidad Católica de Manizales, el cual tiene como meta “profundizar con los estudiantes elementos teórico prácticos en temas de bioinformática”, explicó Natalia Campillo, investigadora de BIOS.

Este semillero nace por el interés de la institución de educación superior y del docente Narmer Fernando Galeano para que BIOS contribuya con los fundamentos y el análisis de datos de los proyectos que los 7 estudiantes participantes llevan a cabo.

“Actualmente están estudiando enzimas que degradan la lignocelulosa (pared celular de las plantas, considerada como posible fuente de carbono renovable), para generar y desarrollar biocomustibles o energía alternativa”, explicó Campillo.

Los semilleros de investigación son una importante estrategia para motivar y generar interés en los estudiantes de las universidades para que dediquen sus vidas a hacer ciencia y responder las preguntas de la naturaleza.

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Computación de alto desempeño para la vida

Crear el mapa genético de los colombianos, así como de 1.000 especies vegetales en el país, dos de las tareas que desarrolla esta institución mediante la utilización de tecnologías de punta en el análisis y visualización de datos.

La primera vez que se habló de la construcción en Colombia de un centro de bioinformática y biología computacional, fue en 2007, durante una visita a Cartagena de Bill Gates, cofundador de Microsoft. El concepto original para crear una instalación de este tipo en el país fue del mismo Gates, dice la historia.

Entre la primera idea y la puesta en marcha del proyecto pasaron cinco años, hasta 2012. Desde entonces, Bios, su nombre oficial, ha capturado titulares por sus proyectos innovadores en temas como tratamiento del síndrome del miembro fantasma mediante realidad aumentada o la posibilidad de que personas invidentes observen colores gracias a la traducción de la experiencia visual en sonidos, en vibraciones óseas.

Parte de la misión de Bios es utilizar big data y computación de altas prestaciones, entre otras herramientas, para producir soluciones en campos como la agricultura, el medio ambiente y la salud, cuenta Jorge Hernán Gómez, director del centro.

En el centro trabajan unas 50 personas, profesionales con estudios de posgrado en campos como matemáticas, física, biología, diseño gráfico e ingeniería, entre otros. Aquí, la conversación prontamente se torna abstracta y cargada de acrónimos y detalles técnicos. En últimas, esta es una institución entregada al poder de los datos.

Pero para todo lo intrincada que puede resultar la labor de este lugar, los proyectos que persigue el centro apuntan a tener aplicaciones prácticas en una variedad de industrias; iniciativas que, a su vez, se podrían traducir en servicios y productos para el consumidor final.

Una de las líneas en las que trabaja activamente la institución es una suerte de expedición botánica, pero de alta tecnología: se trata de recorrer el Eje Cafetero durante dos años para recolectar 1.000 especies vegetales para obtener finalmente las secuencias genéticas de estas plantas y así analizar qué potencial tienen para la industria farmacéutica o la de los cosméticos, por ejemplo. También se quiere encontrar formas de fortalecer genéticamente ciertas especies vulnerables a los efectos del cambio climático.

El viaje comenzó este año y, en la visión de Gómez, esta es la expedición piloto a nivel nacional, pues el proyecto podría replicarse en otras zonas de Colombia, un país con una amplia biodiversidad que, en su vasta mayoría, aún no ha sido explorada a fondo.

Las secuencias genéticas son analizadas en el supercomputador que conforma el corazón tecnológico de Bios: un cuarto de máquinas que, sumadas, ofrecen 6TB de memoria RAM, 270 TB de almacenamiento y una capacidad de procesamiento de varios tipos (CPU, GPU y VPU), que recientemente fue utilizada, por ejemplo, para modelar 162 proteínas en un estudio sobre leishmaniasis de la Universidad Antioquia: tres meses y medio de análisis en dos nodos del supercomputador, con un promedio de entre 50 y 90 horas de procesamiento por cada proteína.

Otro de los proyectos en los que trabaja Bios es construir el genoma del colombiano. “Queremos estudiar nuestro mapa genético para saber de dónde venimos, por qué nos enfermamos, qué es lo que nos hace ser como somos desde el punto de vista de los genes”, en palabras de Gómez.

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Half-day workshop on Genome Assembly, Annotation, and RNA-Seq

Dec 2, 2015

12:00 PM - 4:00 PM EDT

REGISTER to attend in person or online

This half-day workshop introduces a variety of free bioinformatics tools and resources for dealing with genome datasets – including assembly, annotation, RNA-Seq. Using cyberinfrastructure (CI) developed by the iPlant Collaborative, attendees will learn how to upload and share any genomic dataset and conduct analyses through web (Discovery Environment) or cloud/Linux command-line (Atmosphere) interfaces. The session is an opportunity for existing users to get up-to-date oniPlant’s newest features (e.g. tool integration with Docker, Data Commons, and Agave API). Training provided will help new users to further explore iPlant tools for GWAS, methylation studies, image analysis, and more. While many examples will focus on plant data, iPlant resources are equally useful for all domains of life.

 

Key topics and examples covered include:

• Managing and sharing large datasets
• Best practices and new technologies in Genome Sequencing and Assembly
• Genome annotation with the MAKER pipeline
• Overview and new methods for RNA-Seq (from Tuxedo to Kallisto)

iPlant platforms accommodate every level of user - from “bench-biologist” to bioinformatician and computational resources include generous storage allocations as well as access to cloud and high-performance. iPlant platforms are extensible and customizable via application programming interfaces (APIs)/ RESTful services, and web-based systems for data access, tool integration, and analysis. Training and online learning materials provide support for collaboration and people – helping all users get started with iPlant.

 

How to attend/what to bring:

Please obtain a free iPlant account and register for the workshop. The workshop is free and in-person attendees (registration limited to 30) will also receive complimentary lunch and coffee. Please bring a Wi-Fi enabled laptop to the session.

 

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Webinar: Analyzing High Throughput Sequencing Reads with the NGS Eclipse Plugin

November 20, 2015

12:00 PM - 1:00 PM EST, 9:00 AM - 10:00 AM PST

This iPlant Focus Forum webinar will feature the Next Generation Sequencing Eclipse Plugin (NGSEP). NGSEP is an integrated framework for analysis of high throughput sequencing reads. The software's main functionality is the variants detector, which allows users to perform integrated discovery and genotyping of Single Nucleotide Variants, insertions, deletions, and genomi regions with copy number variation. The NGSEP suite of tools will be available through the iPlant Discovery Environment in November prior to this webinar. More information about NGSEP is available at sourceforge.

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Focus Forums webinars are offered on various topics and are designed to enhance users’ experience with iPlant platforms. They give users an opportunity to interact with iPlant staff to discuss “best practices” for performing analyses, troubleshooting any potential difficulties, and using our Ask Forum to resolve issues and connect with the community.

During the year, topics may focus on any iPlant science area or service, or using and developing for any platform. Users may suggest and vote for webinar topics through the Ask Forum.

Who Should Attend?

This webinar is open to people who are using iPlant resources and want to learn more about the specific topic. Users are encouraged to post questions and problems encountered to the Ask Forum for discussion during the webinar.

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Boletín Colombiano de Biología Evolutiva

Está disponible el quinto número del Boletín Colombiano de Biología Evolutiva, en él están incluidas las memorias del V Simposio Colombiano de Biología Evolutiva.

Lo pueden consultar aquí

Abiertas las inscripciones al curso Biotecnología y TIC

Abiertas las inscripciones al curso Biotecnología y TIC con @NetworkITCT. Inscripciones con patricia.serrano@bios.co

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Hacer ciencia en Colombia, trae beneficios tributarios

Este 9 de noviembre realizamos un nuevo encuentro para fortalecer las relaciones entre empresa, universidad, grupos y centros de investigación, con el fin de continuar con los entregables del objetivo 1 del proyecto de regalías Caldas BIO-región, que ejecuta la Gobernación de Caldas y lidera el Centro de Bioinformática y Biología Computacional de Colombia – BIOS.

Con cerca de 80 participantes llevamos a cabo el curso Beneficios Tributarios en CTeI, dictado por dos expertos en la temática por parte de Colciencias; el objetivo era formar a los interesados en la metodología, recursos y herramientas existentes en el país para acceder a diferentes ayudas, apoyos y/o patrocinios cuando se trabajan temas de Ciencia, Tecnología e Innovación entre el sector privado y el académico.

Hay un mito que dice que existe un divorcio entre la empresa y la universidad para trabajar temas de CTeI, por tal motivo “es fundamental estar en una plaza como Manizales, en BIOS, para generar alianzas estratégicas para romper ese mito y trabajar conjuntamente”, explicó Felipe Ortiz Beltrán, coordinador de Beneficios Tributarios de Colciencias.

Los conferencistas explicaron que Colombia tiene actualmente un cupo para estos beneficios de 500 mil millones de pesos, pero que en el 2014 se utilizaron solo 346 mil millones de pesos; la meta de Colciencias de aquí hasta el 2018 es utilizar esos cerca de 150 mil millones de pesos más en beneficios tributarios para empresas, universidades, grupos e institutos de investigación y de esa manera aumentar paulatinamente dichos recursos, con la meta de llegar a 1 billón 250 mil millones de pesos.

“Estamos gratamente sorprendidos, primero por las instalaciones de BIOS y segundo porque no nos imaginábamos esta participación. Creemos que acá en el eje cafetero hay un foco y un potencial gigante“, aseguró Ortiz Beltrán.

Consejos para los interesados

-Dejar de tener miedo y pensar que es muy difícil acceder a estos beneficios

-Asociarse con un grupo o instituto de investigación, unir lazos con un aliado estratégico.

-Visualizar este proceso como un beneficio a largo plazo, una inversión para mejorar su empresa, producto o servicio, lo que le dará un know how importante que le dará elementos diferenciales en el mercado.

Por cada 100 pesos invertidos en CTeI, se reciben 175 pesos en deducciones en impuestos.

Frente a los errores, los expertos aseguraron que muchos de éstos corren por cuenta de la formulación del proyecto y el atraso en las fechas de entrega, “las ideas son buenísimas, sus impactos y pertinencia también pero se caen en la formulación, la redacción no es la adecuada, no hay claridad entre objetivos y resultados”.  Igualmente explicaron que en ocasiones la construcción de estos procesos se deja a cargo de personas sin experiencia.

Si desea conocer más información, en la página www.colciencias.gov.co , en el mini sitio Beneficios tributarios, encuentra tutoriales, información y datos acerca de cómo acceder a éstos.

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The Second International Congress of Nanoscience and Nanotechnology and The First School of Nanotechnology to be carried out in Quito, Ecuador, South America from 19th to 26th of November, 2015

Comité Organizador of the Congress

Marbel Torres, PhD

Yolanda Angulo, PhD

Kléber Andrade, PhD

Rachid Seqqat, PhD

Andrés Izquierdo, PhD

Vladimir Aguirre, PhD

 Tópicos

• Nanomateriales para aplicaciones en energía y remediación  ambiental

• Nanobiomedicina

Detalles

Comienza: 19 noviembre

Finaliza: 26 noviembre

Categoría del Evento: Internacional

Pagina Web: http://nanotecnologia.espe-innovativa-ep.com/

Organizador: CENTRO DE INVESTIGACIÓN DE NANOCIENCIA Y NANOTECNOLOGÍA

Teléfono: 593 2 2336070 ext. 105/125

Email: cencinat@espe.edu.ec

Pagina Web: http://cencinat.espe.edu.ec/

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Experto colombiano habla sobre variante genética de parásito que contagia de cáncer

Un paciente de 41 años con VIH, falleció en el 2013 en la ciudad de Medellín. Lo curioso de este fallecimiento es que el paciente desarrolló una enfermedad cancerosa metastásica. 

Esto obligó a los especialistas a acudir al Centro de Control y prevención de enfermedad de los Estados Unidos para realizar exámenes más especializados a las biopsias obtenidas. Ya que las células encontradas eran diez veces más pequeñas que las células cancerosas humanas. Un caso que a su vez fue reportado en la revista más importante de medicina ya que asombró a la comunidad científica. 

“Aquí la parte importante es lograr determinar que esta persona no desarrollo un cáncer común: un cáncer de pulmón, un sarcoma o un cáncer de colon metastasico, sino que desarrollo un tipo de cáncer cuya variante genética se logró determinar que provenía de mutaciones de cambios de otro organismo vivo diferente, que era la larva y eso es excepcional”.

Carlos Alberto Vargas, oncólogo de la Clínica del Country

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