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martes, septiembre 29, 2015

Los gérmenes que siempre van con usted

Los seres humanos llevan consigo una especie de nube de microbios que sería única al igual que la huella dactilar o el genoma.




Un estudio hecho por investigadores de la Universidad de Oregon y publicado en la revista Peerj señala que, a dondequiera que vayan, todos los seres humanos llevan consigo una especie de nube de microbios y cada una sería única, tanto como las huellas dactilares o el propio genoma. El grupo de científicos, dirigido por John Meadow, se enfocó en 12 diferentes tipos de bacterias, entre las que estaban el estafilococo, el estreptococo y el lactobacilo. Al comparar las muestras de los participantes, los expertos encontraron que cada uno emitía el mismo tipo de microbios pero en proporciones muy específicas y únicas. El hallazgo tendría implicaciones en el campo de la epidemiología pues podría ayudar a entender cómo ciertos patógenos se distribuyen en la población, pero también ayudará a las ciencias forenses ya que con la huella microbiana se podrá detectar la presencia de una determinada persona en un lugar.



sábado, septiembre 26, 2015

Servicio de secuenciación masiva optimizada a través de la plataforma tecnológica NGS MiSeq de Illumina

CorpoGen Soluciones pone a disposición de la comunidad científica el servicio de secuenciación masiva optimizada a través de la plataforma tecnológica NGS MiSeq de Illumina, para un rápido y preciso proceso de lectura de secuencias de ADN, generando hasta 15 Gigabases por corrida (hasta 50 millones de secuencias).  Nuestro laboratorio cuenta con la infraestructura necesaria para realizar proyectos de secuenciación con altos estándares de calidad, desde el diseño de experimentos y preparación de librerías, hasta el manejo bioinformatico de los datos derivados de proyectos de NGS para distintas aplicaciones como secuenciación de genomas microbianos, secuenciación de transcriptoma (RNA-seq), secuencias a partir de amplicones específicos, estudios de diversidad microbiana, secuenciación de metagenomas, y búsqueda dirigida de marcadores moleculares tipo microsatélites y SNPs en diversos organismos, entre otros.

jueves, septiembre 24, 2015

X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics


International Volunteers

The X-Meeting / BSB will offer 5 additional volunteer positions for international participants!

Selected volunteers will be granted with a complimentary registration!

Although each volunteer will work at specific times (to be informed), you are required to be available all day during the three days of the conference (November 3 to 6).


If you submit a volunteer application, DO NOT register to the conference until further notice!Selected volunteers will not need to pay for registration.
 
To subscribe you will need to send the information below:  (send to volunteers@x-meeting.com):


1) A Statement of Purpose: a letter describing the reasons why you would like to be a volunteer and why would you be a good one (must be in English).
 
2) A short Curriculum Vitae
 
3) Availability: Specifically inform your intended arrival and departure dates
 
4) Any proof that you are currently enrolled in a foreign institution (such as a valid University badge or ID, a short letter from your advisor, any University document that could proof you are enrolled. It does not need to be an official document).




martes, septiembre 22, 2015

Los libros con cubierta humana, el arte que se convierte en ciencia

Los libros son una de las formas más interesantes de ser infinitos, de dejar las palabras escritas generación tras generación, como un dispositivo para vivir por siempre en la mente y corazones de los demás.
Puede creer que desde mediados del siglo XIII existen libros cubiertos por piel humana, pueden ser de cadáveres que servían para estudios anatómicos o criminales, incluso de seres queridos, solo su textura, saber que lo que toca es la piel de un peligroso asesino o de un amado que descansó de este mundo, hace que la experiencia de leer llegue a otro nivel.
En los años recientes, el arte ha reenfocado algunos de sus esfuerzos; ya no busca ser solo representativo sino aplicado, busca tomar las mismas técnicas científicas para lograr objetivos distintos, eso es lo que hace la profesora de la Universidad de Concordia en Canadá, Tagny Duff; desarrolló 5 libros con cubierta humana, tejidos donados de liposucciones en un proyecto denominado Cryobook, que traduce algo como libros congelados.
“Lo que busco es interactuar con esa idea de violencia o amor que representa la piel, además de  jugar con materiales como células, tejidos y llevarlos a un libro, que se convierte en un instrumento para guardar información”, dice Duff en su visita al Centro de Bioinformática y Biología Computacional de Colombia - BIOS en el marco de la 14 versión del Festival de la Imagen de la Universidad de Caldas.
El virus del VIH, en vivo y en directo
A estos tejidos donados de liposucciones, que se convertirán en las cubiertas de los libros, se les aplica un virus, (lentivirus para ser exacto), un vector del VIH, y genera diferentes imágenes en la cubierta “no hago una representación del virus, es el virus en sí”. Estas imágenes del virus en el tejido se asemejan a moretones en la piel.
Lo cual, según la autora, busca abordar nuestros miedos y la forma en que se le teme a estos virus, también dijo que demuestra la relación que hay entre la piel y la violencia, además de la capacidad de regenerarse como una analogía entre lo que hace daño y la manera en que el cuerpo se recupera. Todo esto, a través de técnicas científicas que se usan para hacer pruebas en laboratorios con virus, bacterias, células y otros.
Este proyecto, realizado de la mano con científicos de diferentes áreas, también contó con el desarrollo de un refrigerador que mantiene los libros a menos de 80 grados centígrados, “hicimos una especie de biblioteca para mostrarlos pero que igualmente los preserva, si se mantienen a condiciones estables pueden durar más de mil años”, la metáfora del tiempo, el recuerdo, la información y los libros vuelven a entrar en juego.
¿Para qué unir la ciencia y el arte?
Tagny es de esas mujeres que nos hacen pensar más allá, salir del esquema en el que vivimos, ¿cuál podría ser la razón para utilizar métodos científicos, laboratorios, células, y demás para hacer arte?, asegura que está interesada en responder preguntas de la biología, temas digitales que tienen que ver con la forma en que estas nuevas herramientas cambian nuestros cuerpos y están cambiando nuestras vidas y entornos.
“Creo que la razón por la que muchos artistas están interesados en ciencia es porque pueden estudiar materiales en una forma que el arte no”, aseguró la canadiense; uno de sus objetivos es cambiar el diseño de nuestros dispositivos tecnológicos, quiere luchar contra la toxicidad y polución que generan los desechos electrónicos, se pregunta diariamente, ¿qué materiales alternativos se pueden usar para disminuir la cantidad de químicos y metales que terminan en la basura?, ¿cómo imaginar un celular, computador, televisor hechos de materiales biológicos, que luego de su uso puedan ser enterrados y que de estos florezca un árbol?, de ese tipo son las inquietudes que desea responder.
Pero no es solo Duff, hay muchos artistas que tomaron la decisión de basar sus trabajos estéticos en temas científicos, otro buen ejemplo es Adam Brown, el alquimista del siglo XXI, un artista conceptual que une robots, biología y química molecular para responder preguntas sobre el mundo y la vida desde el arte.
El alquimista del siglo XXI
El proyecto  The Great Work of the Metal Lover (la gran obra del amante del metal), unió a este artista con el microbiólogo y genetista Kazem Kashefi, quienes construyeron un sistema que, a través de un proceso microbiológico con bacterias extremófilas (que viven en condiciones extremas), convierte el cloruro de oro, en oro de 24 quilates, una metáfora que une el arte, la ciencia y la alquimia, para responder esa antigua pregunta de cómo encontrar la piedra filosofal, ese líquido rojizo que convierte lo que toca en el preciado mineral.
Una búsqueda espiritual, que pasa por lo poético y filosófico que encuentra alguna luz a través de un bio reactor que responde a este acertijo de la química occidental.
Este proyecto no solo fue publicado en revistas artísticas sino también científicas, lo que cierra la brecha entre ambos.
En Colombia, artistas como Kiran Fernandes o Jorge Luis Vaca, también han aportado a estas nuevas formas artísticas, es el momento en que el país debe romper el esquema y pensar en soluciones a nuestros problemas con diferentes alternativas, materiales distintos y uniones tan increíbles e impredecibles como la que puede suscitar entre un artista y un científico.

lunes, septiembre 21, 2015

El PECET busca administrador de proyectos de investigación

El  PECET busca administrador de proyectos para trabajar en investigación sobre dengue. La convocatoria estará abierta hasta el viernes 25 de septiembre. Para saber los requisitos y responsabilidades, consulte el siguiente enlace: 
Requerido nivel de inglés alto
Enviar hoja de vida a comunicacionespecet@udea.edu.con con asunto administrador de proyectos 


sábado, septiembre 19, 2015

Completan genoma de bacteria oportunista en el VIH Sida

Profundizar en el conocimiento de la Mycobacterium colombiense, germen asociado a enfermedades respiratorias e infecciones en pacientes con VIH Sida es un aporte mundial al estudio de estas bacterias.

Las primeras infecciones fueron descritas en pacientes VIH positivos de Bogotá, donde el patógeno fue considerado agente causal de enfermedad diseminada y pulmonar; su muerte se produjo por coinfección, es decir, dos o más infecciones al mismo tiempo. 

Mónica Natalia González Pérez, doctoranda en Ciencias Biomédicas, obtuvo la secuencia completa del genoma de esta bacteria tras cuatro años de investigación en los que ha profundizado en sus mecanismos moleculares (composición), de virulencia (capacidad para causar enfermedad) y de patogénesis (origen y evolución de enfermedades).

Dicho germen forma parte de las cerca de 160 especies que integran el grupo de micobacterias no tuberculosas (MNT), también llamadas atípicas o del medioambiente.

Las primeras infecciones fueron descritas en pacientes VIH positivos de Bogotá, donde el patógeno fue considerado agente causal de enfermedad diseminada y pulmonar; su muerte se produjo por coinfección, es decir, dos o más infecciones al mismo tiempo.

Por su parte, la profesora Martha Isabel Murcia Aranguren, del Departamento de Microbiología de la Facultad de Medicina de la U.N., quien descubrió la M. colombiense, menciona que esta especie podría ser un patógeno particularmente virulento para la población VIH positiva en Colombia, estimada en 41.900 casos en 2013, según datos del Ministerio de Salud y las Naciones Unidas.

La docente afirma que en la actualidad se adelanta una investigación de coinfección en los hospitales Simón Bolívar y Santa Clara, en Bogotá, cuyos resultados preliminares resultan preocupantes, pues si bien se tiene la idea de que tras varios años de estar aplicando la terapia múltiple antirretroviral el paciente VIH mejora su sistema inmunológico y no desarrolla infecciones oportunistas, esto no sucede en Bogotá.


viernes, septiembre 18, 2015

Reflexión sobre las posibilidades e impacto de la biotecnología

El próximo viernes 25 de septiembre se llevará a cabo en la Universidad de Caldas sede Palogrande, en la sala Carlos Náder la agenda "Reflexión sobre las posibilidades e impacto de la biotecnología", en la cual se presentarán las tendencias mundiales en biotecnología. 
La charla estará a cargo del Director Instituto de Biotecnología de la Universidad Nacional de Colombia – Sede Bogotá, IBUN, el Fabio Aristizabal, Ph.D.

Inicialmente el Director Científico de BIOS, Marco Cristancho abrirá este espacio de debate y conocimiento con la importancia de la boitecnología para una región como la cafetera y par aun país como Colombia, además de presentar algunos de los proyectos del Centro que van encaminados a fortalecer esta temática en la región.
Este evento tiene entrada abierta y es completamente gratuito, los esperamos.
Lugar: Sala Carlos Náder. Universidad de Caldas. Sede Palogrande
Fecha:Viernes 25 de septiembre de 2015
AGENDA
  • 8:00 a.m.  Saludo de Bienvenida  - Rector Universidad de Caldas. Director BIOS
  • 8:15 a.m. Charla Introductoria. Dr. Marco Cristancho. Director Científico de BIOS
  • 8:45 a.m. Conferencia Abierta “Tendencias mundiales de la Biotecnología”. Dr. Fabio Aristizabal. Director Instituto de Biotecnología de la Universidad Nacional de Colombia – Sede Bogotá. IBUN.

martes, septiembre 15, 2015

MANIZALES ESTRENA SUPERPANTALLA CIENTÍFICA

“Una supercomputadora necesita una superpantalla”, escucho decir a los ingenieros del Centro de Bioinformática y Biología Computacional de Manizales pocos minutos antes de la inauguración oficial del primer muro de visualización científica del país. Una pantalla, formada por 32 monitores, con una resolución de 66 millones de pixeles, será de ahora en adelante la pareja perfecta para el computador más potente con que cuenta Colombia.

Allí, en medio de las montañas cafeteras, en un cuarto con una temperatura que no debe nunca sobrepasar los 25°C ni bajar de los 18°C, con una humedad del 60%, está escondido BIOS. Un murmullo electrónico recorre la sala. BIOS tiene el poder de unos 4.000 a 6.000 computadores de casa operando juntos y la memoria de unos 1.228. Pero la idea es que siga creciendo. Evitar la obsolescencia, el equivalente a nuestro envejecimiento. Si en 2020 consigue tener 100 teraflops, seguramente entrará en la lista de los 500 computadores más potentes del mundo y habrá ganado unos años más de vida.
Diego Ceballos, gestor de tecnologías de la información de BIOS, intenta explicar el poder del computador. “Aquí analizamos el genoma de una bacteria que afecta la trucha. El trabajo que tomaría unos 15 días en computadores tradicionales, aquí lo resolvimos en cinco horas”, dice. La arquitectura de la máquina permite realizar múltiples tareas simultáneamente.
En el cuarto conjunto al centro de cómputo se instaló la superpantalla con que soñaban los ingenieros desde 2013, cuando encendieron la supercomputadora. Un grupo que trabaja en computación avanzada en la Universidad de Texas los asesoró. Esta superpantalla no es muy distinta a las que usa, por ejemplo, la Policía para visualizar la información de las cámaras de seguridad de una ciudad. ¿Qué hace especial a estos 32 monitores ensamblados en un solo muro? “La gracia está en la capacidad de conexión al computador”, explica Ceballos.
Las aplicaciones de este gran telón electrónico, como lo anotó Carlos Vásquez, director de nuevas tecnologías de Microsoft, “son innumerables”. Una de las que se ha robado la atención es el tratamiento del síndrome de miembro fantasma en personas amputadas. Usualmente entre las personas que han perdido una pierna o un brazo persisten dolores y sensaciones molestas a pesar de que ya no existe esa parte del cuerpo. Es un engaño creado por el cerebro. Con Vilimbs, un proyecto de realidad virtual, se crea un brazo o una pierna virtual y el paciente, frente a una pantalla, puede manipularlo haciéndole creer al cerebro que recuperó lo perdido. Lo común hoy entre rehabilitadores es usar espejos.
Paulo Vélez y Esteban Correa, investigadores en biomedicina, dicen que con la construcción de interfaces computador-mente podrán enseñarles a los pacientes a “sintonizar” ciertos estados mentales. El dúo computador-superpantalla también puede ayudar al estudio de epidemias como la del chikunguya o el dengue. Hasta ahora, quienes más han sacado provecho son los genetistas e investigadores de plantas.

lunes, septiembre 14, 2015

6 PhD Positions - Computational Systems Biology

JOB DESCRIPTION
Computational Systems Biology
We offer 6 PhD positions in the following areas:
(A) Reverse engineering of biological networks

Humboldt-Universität zu Berlin
DFG Research Training Group 
Biology has developed into a quantitative, information-driven science. We are seeking doctoral students for the DFG-funded Research Training Group "Computational Systems Biology" (CSB) which focuses on the system-level understanding of biological data using computational methods. CSB is embedded in the thriving Berlin life-science environment and involves high-ranking research institutions such as Humboldt-Universität zu Berlin, Freie Universität Berlin, Charité-Universitätsmedizin Berlin, Max Planck Institute for Molecular Genetics and Max Delbrück Center for Molecular Medicine Berlin-Buch.
(B) Understanding cellular variability
(C) Unravelling adaptation mechanisms in biological networks
(D) Understanding regulation mechanisms mediated by RNA molecules and their interactions

domingo, septiembre 13, 2015

Descubren 14 genomas del cacao



El hallazgo fue el resultado del estudio de la Granja Luker, el CIAT y la Universidad de Yale de EE. UU.
 

Una investigación realizada entre la Granja Luker (centro de investigación de cacao de CasaLuker), ubicada en Palestina (Caldas), el CIAT (Centro Internacional de Agricultura Tropical) y la Universidad de Yale de Estados Unidos permitió el descubrimiento y análisis de 14 genomas de cacao colombiano.
El trabajo realizado durante los últimos 2 años en los árboles de cacao fino de aroma, la variedad de cacao más apreciada en el mundo, y que se produce en el país, permitirá mejorar las características del producto nacional, con destino a los mercados que hoy en día lo demandan, especialmente en países europeos y asiáticos.
Este estudio, que por primera vez se realiza en el mundo con 14 variedades de cacao, destaca el avance científico y académico de los colombianos, al presentar a la comunidad cacaotera internacional unas conclusiones que permitirán avanzar en el desarrollo de este exótico fruto tropical.
Hasta el momento se han secuenciado 2 cultivares de cacao: el criollo de Belice y el cacao matina de Centroamérica, los cuales se llevaron a cabo en Estados Unidos. Con esta investigación realizada en Colombia, se descubren 14 genomas del cacao, posicionando al país como un abanderado en la investigación mundial de la genética de este alimento.
Para el estudio se identificaron inicialmente 10 millones de secuencias y de estas 5,5 millones fueron retenidas y luego filtradas, siendo sobre esta última muestra donde se obtuvieron los marcadores especiales que evidencian las diferencias existentes entre estos 14 genomas estudiados.
A futuro, este estudio en el que se analizaron las cualidades fenotípicas, genotípicas y químicas de 14 tipos de cacao, traerá grandes aportes a la economía, especialmente a los cultivadores de cacao en Colombia y al impulso del comercio internacional del producto.
El sector agrícola colombiano se beneficiará, al tener el conocimiento para lograr una mejor y mayor variedad en la productividad y calidad del cacao, permitiendo por ejemplo sembrar con cierto tipo de sabores, olores, colores, aromas, de acuerdo con el destino del fruto. Estas variedades son más resistentes a enfermedades y a la absorción de ciertos metales tóxicos.
El negocio internacional del cacao también se verá estimulado con este avance, pues desde Colombia se tendrá la posibilidad de producir el cacao con las características determinadas que requiera cada uno de los mercados en cualquier parte del mundo. CasaLuker actualmente llega a más de 30 países con Cacao fino de aroma.
LOS EXPERTOS 
En este estudio el aporte de CasaLuker estuvo representado por la evaluación y caracterización de las diferentes variedades presentes en su banco de germoplasma en la Granja Luker, por su equipo de investigación y desarrollo, así como por los especialistas y profesionales que trabajan en la Granja Luker, con más de 50 años de experiencia; el CIAT con su conocimiento científico obtuvo el ADN de cada variedad y el análisis del genoma y la Universidad de Yale, la secuenciación y análisis bioinformáticos del trabajo investigativo, los cuales permitieron clasificar cada uno de los elementos descubiertos en el estudio.
Del equipo hicieron parte: Joe M. Tohme, director Científico Área Agrobiodiversidad del CIAT; Gerardo Gallego, jefe Laboratorio de Biotecnología del Área Agrobiodiversidad del CIAT; Jhon Ocampo, profesor Universidad Nacional de Colombia-Palmira; Stephen Dellaporta, Director del laboratorio Molecular, Cellular & Developmental Biology de la Universidad de Yale; Juan Carlos Arroyave G., gerente Desarrollo Agrícola CasaLuker; Alberto Agudelo, director Técnico CasaLuker; Mauricio Salazar, director Capacitación e Investigación CasaLuker.





sábado, septiembre 12, 2015

Biocomputadoras ADN

Un grupo de científicos de EE.UU. confirmó a finales de marzo que está desarrollando una computadora biológica que combina tecnología y genética. La investigación ha dado por terminada la primera parte del proyecto. Se trata de un transistor biológico que —aseguran— funciona mucho mejor que los electrónicos, es decir, aquellos que se encuentran prácticamente en todos los ordenadores, televisores, radios o móviles.

Fuente

Curso 11 - Anotación de Genomas utilizando el software Apollo y las herramientas del consorcio Gene Ontology




El curso está dirigido a profesionales con postgrado de las áreas de biología, química y agronomía, que hagan parte de proyectos de investigación donde apliquen estos conocimientos.
Tutor:
Monica Muñoz-Torres, PhD. Berkeley Bioinformatics Open-source Projects (BBOP). Lawrence Berkeley National Laboratory.
Fecha y horario:
21 de septiembre de 8:30 a 5:30 p.m.22 de septiembre de 8:30 a 12:30 p.m.Lugar:BIOS,EcoparqueLosYarumos.Manizales-CaldasValor: Sin costoInformación: patricia.serrano@bios.co



Más Información

miércoles, septiembre 09, 2015

Investigadores amplían técnicas para detectar cáncer de mama con una metodología que combina la bioinformática con la radiología


Investigadores de la Escuela de Medicina del Tecnológico de Monterrey desarrollan un procedimiento innovador para diagnosticar el cáncer de mama con una metodología que combina la bioinformática con la radiología. La institución indicó que en México el cáncer de mama es la segunda causa de mortalidad en mujeres, pues cada año fallecen más de 3 mil 500 mexicanas de esta enfermedad que es curable si su diagnóstico se realiza a tiempo. Refirió que por ello se trabaja en el desarrollo de este proceso que combina la bioinformática con la radiología, para que juntas formen una mejor herramienta que permita identificar de una manera más objetiva y precisa a las pacientes con mayor riesgo de padecer esta enfermedad. "Lo que propone este innovador método es fusionar la información molecular de una paciente (es decir, los indicadores de la actividad biológica) con el procesamiento de imágenes, de tal forma que esos biomarcadores sean aplicados a la tecnología de imagen", explicó el doctor Víctor Treviño. El líder del Grupo de Enfoque en Bioinformática y Dispositivos Médicos indicó que "para ello empleamos un modelo matemático que arroja algoritmos más precisos, y de esta forma se puede detectar dentro de una imagen en dónde hay más probabilidad de que ocurran las alteraciones celulares". Mencionó que generalmente el diagnóstico del cáncer de mama se hace empleando solamente la radiología, "por ello, la idea de aplicar la bioinformática tiene la finalidad de apoyar al radiólogo en la toma de decisiones al momento de hacer un diagnóstico". El investigador expresó que junto con su equipo de profesores investigadores y alumnos de posgrado han estado desarrollando este proyecto de investigación en los últimos cinco años, y ya ha se han tenido como resultado varios productos científicos, como tesis de maestría y doctorado, y una solicitud de patente.



martes, septiembre 08, 2015

CURSO BÁSICO DE R: APLICACIONES EN BIOESTADÍSTICA


JUSTIFICACIÓN

En la formulación de problemas y preguntas de investigación uno de los grandes retos es ejecutar un adecuado diseño experimental y decidir sobre qué pruebas estadísticas realizar. Muchas veces los investigadores caen en el error de tomar datos sobre un determinado tema o pregunta y posteriormente decidir sobre el tratamiento estadístico de los datos obtenidos. Esto generalmente promueve la manipulación indirecta de los datos hacia una pregunta que el investigador no se formuló inicialmente, además de la carencia de fundamento científico a la hora de justificar y discutir los resultados. El aprendizaje de herramientas estadísticas permite entonces a los investigadores definir los tipos de variables que van a ser empleadas para responder a una pregunta de investigación y elegir las pruebas estadísticas apropiadas para tratar dichas variables antes de tomar datos. Además es importante el uso de un software que permita realizar cualquier prueba estadística y presentar los resultados a manera de figuras de nivel de una publicación científica. Este curso permite estudiar y discutir los fundamentos del planteamiento de problemas en el contexto de las ciencias biológicas, planteando las estrategias apropiadas para el análisis de los datos resultantes por medio del uso del software estadístico R. Temáticamente, el curso se estructura de la siguiente manera: el 80% del curso resume los conceptos relacionados con la descripción cuantitativa de poblaciones biológicas y con el análisis de datos mediante modelos de causalidad. Además, muestra cómo estos conceptos básicos pueden ser extendidos, en forma de modelos generales lineales y generalizados para resolver problemas de causalidad. Este módulo incluye una discusión general sobre las características de la ciencia y las implicaciones de la aproximación cuantitativa en la construcción del conocimiento científico, y una introducción a los métodos multivariados. Todo lo anterior articulado en el uso del software estadístico R. El restante 20% del curso introduce conceptos y métodos básicos de diferentes campos de la biología (e.g. morfometría y colorimetría biológica) enfocados en el uso de R para la aplicación de técnicas que permitan responder preguntas biológicas. 


CONTENIDO 

Introducción a R. Gráficas. Análisis descriptivos, normalidad, homogeneidad de varianza e intervalos de confianza.

Introducción a los modelos y análisis de residuos. Modelos lineales: ANOVA, ANCOVA, Regresiones simples y múltiples.

Análisis de vías. Modelos lineales generalizados: Regresión logística, Regresión de Poisson. Modelos no lineales: Regresión Lowess.

Análisis multivariados: Análisis de componentes principales y Análisis de función discriminante. Estadística circular.

Análisis Cluster y escalamiento multidimensional. Simulación y aleatorización.

Aplicaciones de R en otros campos de la Biología: Morfometría y colorimetría biológica. 

ALCANCE DEL CURSO 

Los participantes estarán en capacidad de:- Conocer y manejar los comandos básicos en bioestadística del software R.- Realizar gráficas y figuras de nivel científico en R.- Realizar pruebas estadísticas como modelos lineales generales, modelos lineales generalizados y modelos multivariados.- Aplicar los conocimientos en R para el desarrollo de pruebas estadísticas, presentación de resultados y análisis de datos en proyectos de investigación enfocados a la biología. 

REQUISITOS DE LOS PARTICIPANTES

1. Los participantes deben tener conocimientos básicos en estadística descriptiva.

2. Los participantes deben tener computador con el software R instalado. Este software es gratuito y se encuentra disponible para todos los sistemas operativos (Linux, Mac y Windows). Se puede descargar en el siguiente 

link:https://cran.r-project.org

INSTRUCTOR

Camilo Rodríguez López: Investigador del Grupo de Ecofisiología, Comportamiento y Herpetología (GECOH). Asistente graduado y estudiante de Maestría en Ciencias Biológicas de la Universidad de los Andes. Licenciado en Biología de la Universidad Distrital Francisco José de Caldas. Correo: c.rodriguez@uniandes.edu.co   

FECHA

Lunes y miércoles Septiembre:14, 16, 21, 23, 28 y 30 Octubre: 5,7, 14, 19, 21, 26,28Horario: 4:00 pm- 7:00 pm  

DURACIÓN DEL CURSO

40 Horas. ( 20 Horas Teóricas – 20 Horas práctica) 


INVERSIÓN  

Inscripción: $18.000 Estudiantes activos y funcionarios UD:$224.000Egresados U. Distrital: $ 192.000.Público en general: $ 280.000 


Más Información




Secuenciación Genómica (Bioinformática II) - Coursera - Especialización

Acerca del Curso

In "Finding Hidden Messages in DNA", we discussed how to find short regulatory motifs in genomes.  But how do we know what the DNA sequence making up a genome is in the first place?  After all, biologists still do not possess technology that would read all the nucleotides of your genome from beginning to end.


In this course, you will learn how entire genomes are assembled from millions of short overlapping pieces of DNA.  The scale of this problem (the human genome is 3 billion nucleotides long!) implies that computers must be involved. Yet the problem is even more complex than it may appear ... to solve it, we will need to travel back in time to meet three famous mathematicians, and learn about algorithms based on graph theory.

Later in the course, we will see that sequencing genomes is not the only task related to decoding biological macromolecules.  Another difficult problem is sequencing antibiotics, short mini-proteins engineered by bacteria to fight each other.  Even though antibiotics often contain fewer than 10 amino acids, sequencing them is a formidable challenge. Decoding the sequence of amino acids making up an antibiotic is an important biomedical problem, but the practical barriers to sequencing short antibiotics are often more substantial than barriers to assembling a genome with millions of  nucleotides! To address this computational challenge, we will learn aboutbrute force algorithms that often succeed in various bioinformatics applications.

Finally in this course, you will learn how to apply popular bioinformatics software tools to assemble a deadly Staphylococcus bacterium. You will also be introduced to the popular cloud service BaseSpace offered by Illumina, the leading DNA sequencing company, thus joining the thousands of biologists and bioinformaticians who use BaseSpace every day.


Programa del Curso
  • Exploding Newspapers
  • The String Reconstruction Problem
  • String reconstruction as a walk in the overlap graph
  • Another graph for string reconstruction
  • Walking in the de Bruijn graph
  • The seven bridges of Konigsberg
  • Euler's Theorem
  • From Euler's Theorem to an Algorithm for Finding Eulerian Cycles
  • Assembling genomes from read-pairs
  • Epilogue: Genome assembly faces real sequencing data
How Do We Sequence Antibiotics? (Brute Force Algorithms)
  • The Discovery of Antibiotics
  • How Do Bacteria Make Antibiotics?
  • Dodging the Central Dogma
  • Sequencing Antibiotics by Shattering them into Pieces
  • A Brute Force Algorithm for Cyclopeptide Sequencing
  • A Branch-and-Bound Algorithm for Cyclopeptide Sequencing
  • Just How Fast Is This Algorithm?
  • Adapting Cyclopeptide Sequencing for Spectra with Errors
  • From 20 to More than 100 Amino Acids
  • The Spectral Convolution Saves the Day
  • Epilogue: From Simulated to Real Spectra
Bioinformatics Application Challenge: Sequencing a Staphylococcus aureusgenome

Preparación Previa Recomendada
If you are aiming at earning a standard certificate in this class, then you do not need to have any experience in biology or programming.  The only prerequisite is the enthusiasm to learn about how computational approaches are used in modern biology :)
If you are aiming at earning a certificate with distinction, then you should either know the basics of programming in the language of your choice (there is no required language for this course) or be willing to learn about programming before the course begins. In this case, in addition to the first course in this series,  we have the following suggestions for resources that will help you learn programming:
  • The language tracks on Codecademy, particularly the Python track.
  • Introductory problems on Rosalind, a resource for learning bioinformatics created by the course instructors.

"Finding Hidden Messages in DNA" is the suggested prerequisite for taking this course, but it is not a strict prerequisite.


Lecturas Sugeridas

The printed course companion is Bioinformatics Algorithms: An Active-Learning Approach (2nd edition), by Compeau & Pevzner.

Formato del Curso

This course covers two chapters from Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach, by Compeau & Pevzner.  The course also contains summary quizzes and lecture videos.



To earn a standard certificate in the class, you must complete weekly quizzes in addition to a Bioinformatics Application Challenge in which you apply popular bioinformatics software tools to a real experimental dataset. If you are eager to learn about bioinformatics, you should be able to complete the Application Challenge and earn the course certificate even if you do not know how to program.
To earn a certificate with distinction, rather than complete the Software Challenge, you must complete some programming assignments found in the course's interactive text. The distinction is a "hacker track" that is aimed at learners who know how to program and would like to explore the nuts and bolts of bioinformatics algorithms.




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