Con el fin de formar recurso humano competente capaz de hacer minería de datos, existe una gran cantidad de información disponible gratuitamente y con acceso publico en Internet: El acceso al genoma completo del arroz esta disponible en: Rice genome annotation project Ademas en National center for biotechnology information se tiene acceso a 1000 genomas de microorganismos, mas de un millón de artículos científicos y herramientas para análisis molecular DNA, RNA y Proteinas con modelamiento tridimensional , Bases de datos de secuencias GenBank el Sistema de búsqueda y retroalimentación Entrez que es un sistema de navegación entre las bases de datos, que permite un fácil acceso de toda la información relativa a determinada secuencia y una Herramienta de comparación y búsqueda de secuencias BLAST.
viernes, febrero 28, 2014
LINEAS TRANSGENICAS A PARTIR DE LOS CULTIVARES DE ARROZ EN COLOMBIA.
El uso de la ingeniería genética de plantas que permite transferir genes foráneos de diversos orígenes ya sea vegetal, animal, microorganismos, virus y hongos al genoma de una planta cultivada contribuyen al desarrollo de lineas transgenicas. En este sentido el convenio entre la universidad Nacional de Colombia, específicamente el grupo de ingeniería genética de plantas del departamento de Biología, el instituto de Genética y Fedearroz con la firme decisión de desarrollar sistemas de ingeniería genética para cultivos de arroz Colombianos han venido realizando un trabajo para construir las bases para hacer lineas transgenicas a partir de los cultivares de arroz en Colombia.
Para lograrlo, se hace referencia a tres tipos de técnicas que permiten desarrollar tecnologías básicas de ingeniería genética de plantas:
Biología Molecular y bioinformatica: Permiten realizar diseños de genes en computador a partir del estudio y manipulación de genes a nivel de ADN, RNA y proteínas. Actualmente, se tiene en las web paginas con secuencias de genes. Para este estudio, por ejemplo, se analiza el gen cry1Ac que es resistente a insectos lepidópteros y a través de software libre se adapta esa secuencia con el fin de hacerla mas eficiente para el arroz. La secuencia obtenida se envía a una compañía encargada de sintetizar el gen y mediante un vehículo molecular de transporte de genes llega al laboratorio de Colombia donde se esta trabajando en la variedad transgenica de arroz.Finalmente, cuando se obtenga la planta transgenica, las técnicas de biología molecular permitirán determinar la cantidad de copias de genes foraneos o trangen están contenidas en el genoma del arroz, si se esta expresando en el tallo, flores, hojas, raices. etc y la cantidad de proteína transgenica que se esta produciendo.
Cultivo de tejidos vegetales: Su estudio permite regenerar una planta completa a partir de una célula vegetal, lo que se conoce como sistema de regeneración. Se tiene en cuenta el tipo de tejido de la planta que se puede usar, la cantidad de hormonas vegetales y sus condiciones ambientales. Para este proyecto, por ejemplo, el gen cry se introduce en el genoma nuclear de las células de arroz y a partir de ello se regenera una planta completa. Dado que la planta resultante contiene el gene que proviene de una bacteria en cada una de sus células, esta planta se conoce como planta trasngenica.
Transformación de plantas: El proyecto impulsado por la Universidad Nacional y Fedearroz identifico una bacteria residente del suelo que transfiere genes a las células vegetales conocida como Agrobacterium tumefaciens. Esta bacteria causa la enfermedad "agallas de corona". El gen cry1Ac diseñado para la variedad fedearroz, se coloco en lugar del gen causante de la enfermedad.
Aunque aun queda mucho por recorrer en el camino de las lineas transgenicas, el proyecto ya desarrollo una versión semesintetica del gene cry1Ac para expresarlo en el genoma del arroz, ademas ha adelantado estudios de expresión transitoria de genes reporteros, identificando la expresión de genes específicos para la hoja del arroz. El grupo de ingeniería genética de plantas a través de procesos de investigación ha construido una plataforma para construir lineas transgenicas de arroz y se han formado investigadores a nivel de maestría y doctorado en biotecnología del arroz, gracias al apoyo y exigencias de lideres de Fedearroz.
domingo, febrero 16, 2014
El gobierno departamental y el Centro de Bioinformática y Biología Computacional de Colombia
El Centro de Bioinformática y Biología Computacional de Colombia BIOS creado en el 2008 como parte de una iniciativa público-privada entre el Gobierno Nacional, representado por Colciencias y Microsoft del que hablamos en una entrada anterior ( ver entrada ) fue visitado el pasado 14 de febrero por el secretario de agricultura, Ángelo Quintero con el fin de tratar temas relacionados con la industria agrícola, farmacéutica y cosmética, abordando desde la panela, el aguacate o la caléndula hasta los avances que ha tenido el centro y fortalecer la relación entre el centro y el gobierno departamental.
Recordemos que en Colombia se invierte cerca del 25% de la producción en métodos para el control de plagas en papa, tomate, lulo, etc y que aún son insuficientes e inadecuadas, por lo que la investigación y desarrollo de actividades de investigación y proyectos que apoyen estrategias de control y abarque otros temas es de vital importancia para mejorar la productividad en el país.
En Colombia, la investigación en bioinformática es todavía bastante incipiente, sin embargo, este centro nos ha permitido acelerar y hacer más productiva y competitiva la investigación en el país en esta área, por lo que esta visita permite reconocer los proyectos y ver como BIOS está creciendo y acelerando progresivamente en materia de investigación e infraestructura por lo que Quintero espera convertir el agro caldense en el ejemplo nacional de productividad.
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